Atas tragedi PKI yang menorehkan luka mendalam bagi bangsa Indonesia, akhirnya masyarakat Indonesia menuntut President Soekarno agar membubarkan Partai Komunis yang ada di Indonesia. Dan akhirnya President Soekarno memberikan mandat pembersihan pada semua sruktur pemerintahannya kepada Mayor Jenderal Soeharto yang dikenal dengan surat perintah 11 maret 1966. Dan setelah di perintah untuk membersihkan semua unsur pemerintahan dari pengaruh PKI oleh President Soekarno, Jenderal Soeharto langsung bergerak dengan sigap. Setelah itu, PKI dinyatakan sebagai penggerak adanya kudeta dan kemudian semua dalang di belakangnya diburu dan ditangkap. Termasuk juga ketua dari PKI yaitu D.N. Aidit yang sempat kabur ke Jawa Tengah, dan namun ia berhasil di tangkap.Â
Selain itu, seluruh anggota Organisasi lain yang dianggap sebagai simpatisan atau yang berkaitan dengan PKI juga ditangkap. Organisasi tersebut antara lain: CGMI, Lekra, Pemuda Rakyat, Gerakan Wanita Indonesia, Barisan Tani Indonesia, dan lain-lain.
Berbagai macam kelompok masyarakat ikut serta dalam menghancurkan markas PKI yang berada di berbagai daerah. Mereka juga menyerang berbagai Lembaga, kantor, toko, dan juga Universitas yang dianggap ada kaitannya dengan PKI.
Dan pada akhir tahun 1965, diperkirakan ada sekitar 500 ribu sampai satu juta anggota serta pendukung PKI yang diduga menjadi korban pembunuhan. Sementara ratusan ribu lainnya di asingkan di dalam camp konsentrasi.
Pada era pemerintahan President Soeharto, Gerakan 30 September 1965/PKI ini selalu diperingati setiap tanggal 30 september, dan sampai sekarang masih terus di peringati agar sejarah dari G30S/PKI tidak dilupakan. Dan tak hanya itu di tanggal 1 oktober juga diperingati sebagai hari kesaktian Pancasila. Hal ini dilakukan sebagai cara mengenang jasa ketujuh pahlawan Revolusi yang telah gugur dalam tragedi kekejaman dan ke bengisan PKI. President Soeharto juga pernah menggagas di bangunnya Monumen Pancasila Sakti di wilayah Lubang Buaya, Jakarta Timur.
Dan untuk mengenang tradegi PKI ini pada tahun 1984 dirilis dokudrama propaganda yang berjudul Penumpasan Pengkhianatan PKI. Dan pada era President Soeharto Film tersebut menjadi sebuah tontonan wajib bagi para anak sekolah yang selalu ditayangkan di TVRI setiap tanggal 30 september malam.
