Seperti yang dijelaskan seblumnya, perang melawan musuh yang sama tidak membuat hubungan internal Athena-Sparta berjalan harmonis. Meskipun pada akhirnya mereka sepakat untuk melakukan perjanjian damai, akan tetapi hal ini tidak dapat bertahan lama. Empat belas tahun setelah perjanjian itu di buat, tepat di tahun 433 SM perang kembali pecah dengan melibatkan sekutu masing-masing.
Perang ini terjadi berawal dari upaya Athena membantu Korsika untuk merdeka dari koloni Korintus. Athena memberikan bantuan dikarenakan Korsika memang tidak bergabung di antara Liga Delia dan Peloponesia. Akan tetapi, bantuan yang dilakukan oleh Athena dianggap oleh Sparta merusak perjanjian damai karena saat itu Korintus masuk menjadi bagian dari Liga Peloponesia yang dipimpin Sparta. Maka pihak Sparta akhirnya mengobarkan bendera peperangan untuk melawan Athena. Di lain sisi, Athena yang juga memiliki niat untuk menguasai dunia akhirnya beraliansi dengan Macedonia untuk menjawab ajakan perang tersebut. Perang ini sendiri disebut Perang Peloponesia karena memang berlangsung di wilayah Peloponesia.
Akan tetapi pada perang ini Athena dihadapkan pada persoalan yang menyulitkan. Ketika perang telah dimulai, di saat yang bersamaan wabah penyakit muncul di wilayah Athena dan cukup mempengaruhi kekuatan mereka. Peperangan tersebut sangat menguras habis kekuatan kedua belah pihak. Bangsa Persia dan Italia yang mengetahui kondisi di Yunani kemudian melancarkan serangan ke kedua kubu. Peperangan yang terjadi selama belasan tahun itu membuat kedua belah pihak mengalami keterpurukan yang mendalam. Perjanjian damai sempat dilakukan akan tetapi perang kembali terjadi. Perang yang berlangsung lama salah satunya disebabkan oleh adanya tokoh internal yang mencoba untuk mendapatkan keuntungan dari perang ini. Meskipun pada akhirnya perang dimenangkan oleh Sparta, akan tetapi tetap saja tidak dapat mengembalikan kejayaan mereka seperti sebelumnya. Baik Athena maupun Sparta merasa dirugikan atas terjadinya perang saudara yang selama ini terjadi.
