Penelitian di perguruan tinggi tidak pernah didorong untuk menjadi sebuah karier. Hal ini mengakibatkan terjadinya ketidakselarasan antara kegiatan pengajaran dan penelitian, dan pada akhirnya menghambat kinerja universitas berbasis riset. Selain itu, terdapat beberapa masalah mendasar pada lingkungan pendukung kegiatan penelitian di perguruan tinggi.
Masalah terbesarnya terdapat pada kurangnya motivasi dosen untuk bertahan di sektor pengetahuan, fenomena rendahnya jumlah akademisi yang berminat menjadi peneliti. Umumnya, akademisi (dosen) hanya sekedar melaksanakan aktifitas dan kegiatan pengajaran.
Parahnya lagi, kegiatan penelitian dosen  perguruan tinggi cenderung hanya memusatkan perhatian pada agenda penelitiannya sendiri, dan kurang memedulikan kebutuhan di ranah kebijakan. Hal ini mengakibatkan rendahnya penggunaan bukti.
Hasilnya adalah tumpukan karya ilmiah hasil penelitian yang tidak dapat dimanfaatkan dengan baik. Kecenderungan yang terjadi adalah karya ilmiah dibuat hanya sekedar memenuhi kebutuhan kenaikan pangkat fungsional dan golongan (baca: Penilaian angka kredit Dosen alias PAK DOSEN) bukan untuk pengembangan ilmu pengetahuan, teknologi, dan sains (IPTEKS).
Perihal lain, minimnya publikasi penelitian dosen pada jurnal nasional terakreditasi dan jurnal Internasional bereputasi. Realitasnya, dosen cenderung  menerbitkan karya ilmiahnya di "Jurnal jurnalan" internal kampusnya. Belum lagi masalah kasus plagiasi yang mendera beberapa dosen di perguruan tinggi negeri maupun swasta.
Dalam konteks output, perguruan tinggi hanya sekadar menghasilkan orang-orang yang "siap pakai", yaitu orang-orang yang memenuhi syarat untuk bekerja di berbagai industri. Tugas mereka adalah mengoperasikan berbagai peralatan teknologi pada industri tersebut.
Bahkan untuk "sekadar" menghasilkan orang-orang seperti itu saja pun perguruan tinggi masih keteteran. Banyak perguruan tinggi yang sekadar menghasilkan orang-orang bergelar, minus kompetensi. Mahasiswa digiring untuk mengikuti berbagai mata kuliah, mengikuti ujian, lulus dengan suatu nilai. Tapi mereka sebenarnya tidak paham soal apa yang mereka pelajari.Â
Mereka juga tidak punya kemampuan belajar mandiri. Tentu saja mereka pun tak mendapat pelatihan yang memadai soal kreativitas, dan ketangguhan mental (ketekunan) dan lain sebagainya.
Persoalan yang sama ada pada lembaga pendidikan di tingkat yang lebih rendah, yaitu pendidikan menengah dan dasar. Sekolah-sekolah kita cenderung menjadi lembaga tempat anak-anak berlatih menghafal. Hafalan itu dipakai untuk menjawab soal-soal ujian, menghasilkan daftar nilai.
Pelajar tidak dilatih untuk paham, berpikir, lalu menjadi kreatif. Juga tidak tangguh dalam hal mental dan fisik. Sistem dan Kurikulum pendidikan yang semangatnya adalah "memangkas" berbagai formalitas pendidikan, ditujukan untuk lebih fokus pada hal-hal substansial, pada kenyataannya tidak konsisten dan utuh implementasi pelaksanannya.
Dharma penelitian memberikan sumbangan cukup besar pada dharma PT yang lain. Oleh karena itu, prestasi seorang dosen dalam penelitian dan publikasi menjadi tolok ukur utama yang menggambarkan profesionalisme dosen sebagai ilmuwan di masa kini dan masa datang.
