2. Kehadiran Militer asing di Laut Cina Selatan, terutama China memiliki kehadiran militer yang cukup kuat. Kehadiran ini juga dianggap sebagai ancaman bagi kedaulatan Indonesia karena dapat digunakan untuk memperkuat klaim-klaim wilayah yang bertentangan dengan Indonesia
3. Sengketa perbatasan dan batas laut, antara Indonesia dengan negara-negara di sekitarnya, terutama China, dapat mengancam kedaulatan Indonesia. Sengketa ini dapat berujung pada konflik fisik atau diplomatis yang merugikan kedaulatan Indonesia.
4. Pertikaian Sengketa Maritim, antara Indonesia dengan negara-negara lain di Laut China Selatan, seperti sengketa penangkapan ikan ilegal, juga merupakan ancaman terhadap kedaulatan Indonesia. Sengketa semacam ini dapat memicu konflik yang berpotensi merugikan kedaulatan Indonesia.
5. Aktivitas penangkapan ikan ilegal oleh kapal-kapal asing di Laut China Selatan, telah menjadi masalah yang serius dan mengganggu kedaulatan maritim Indonesia. Hal ini dapat merugikan nelayan Indonesia dan merusak ekosistem laut di wilayah kedaulatan Indonesia.
6. Pengaruh politik dan ekonomi asing di Laut China Selatan, terutama oleh China  dapat mengancam kedaulatan Indonesia. Pengaruh ini dapat digunakan untuk memperkuat klaim-klaim wilayah yang bertentangan dengan klaim Indonesia atau untuk memengaruhi kebijakan politik dan ekonomi Indonesia di wilayah tersebut.
