Seri animasi ini memiliki cerita yang sederhana dan cocok untuk ditonton anak-anak, dikisahkan jika ada seorang bocah berumur 11 tahun bernama Kanzo Hattori, meskipun masih kecil Hattori adalah seorang ninja dari perguruan Ninjaiga.
Hattori bersahabat baik dengan Kenici Mitsuba, Kenici adalah bocah payah yang dalam keseharian sering diganggu oleh orang lain dan mengalami berbagai kesialan, maka menjadi tugas Hattori untuk senantiasa menolong Kenici.
Dari sedikit sinopsis ini, pasti anda akan merasa jika seri animasi ini memiliki kemiripan dengan seri animasi Doraemon, karakter Kenici dari segi visual maupun wataknya mirip dengan Nobita, Hattori yang berperan sebagai penolong dalam segala masalah yang dialami Kenici, seperti halnya Nobita yang selalu ditolong Doraemon.
Perbedaan antara Doraemon dan Hattori ini adalah Doraemon menlong Nobita dengan peralatan canggih dari masa depan, sedang Hattori menolong Kenici dengan peralatan dan keahlian sebagai ninja yang dia miliki.
Berasal dari Kreator yang Sama.
Kemiripan ini terjadi karena memang komik Ninja Hattori dan Doraemon berasal dari krator yang sama  yaitu Fujiko Fujio, memang sebenarnya nama Fujiko Fujio ini bukan untuk nama satu individu melainkan nama untuk karya yang dibuat oleh dua orang yaitu Hiroshi Fujimoto dan Motoo Abiko.
Seri Ninja Hattori ini sendiri diciptakan oleh Motoo Abiko, sedangkan Doraemon diciptkan oleh Hiroshi Fujimoto, namun karena dalam pengerjaan kedua orang ini sering berdiskusi dan bekerja bersama, maka wajar jika karya mereka memiliki unsur cerita yang hampir sama. Â
Berbeda dengan Naruto.
Dilihat dari jalan cerita dan karakter yang sederhana, ninja hatori memang sangat cocok untuk ditonton anak-anak, berbeda dengan seri anime ninja yang juga populer yaitu Naruto.
