Masih cukup banyak pejabat di jabatan struktural yang enggan berpindah ke jabatan fungsional karena alasan pendapatan yang didapat dari tunjangan jabatan, tunjangan kinerja ataupun kelas jabatan yang didapat nanti akan jauh di bawah dari jabatan struktural.
Hal ini termasuk persoalan yang cukup serius dan harus menjadi perhatian oleh Pemerintah. Contohnya: jabatan fungsional Widyaiswara, di mana tunjangan jabatannya belum berubah/belum ada kenaikan sejak tahun 2007 (Perpres Nomor 59 Tahun 2007) hingga kini.Â
Begitu juga dengan banyak jabatan fungsional lainnya. Bila hal ini tidak diperhatikan kemungkinan PNS "Senior" yang berada di jabatan struktural kurang tertarik pindah ke jabatan fungsional.
Selain tentang penghasilan, pengakuan terhadap posisi pejabat fungsional sering terlupakan oleh pemerintah khususnya pemerintah daerah. Contoh sederhana ketika upacara atau apel, sering yang disebut hanya pejabat struktural saja, tidak ada penyebutan pejabat fungsional.
Walaupun kelihatan sepele, namun tindakan tersebut merupakan bukti bahwa pengakuan terhadap jabatan fungsional kurang dianggap. Harus diadakan sosialisasi yang intensif oleh pemerintah agar jabatan fungsional lebih diakui dan dihormati.
