Guna mendapatkan Gen Iblis, Heihachi mencari Jin Kazama, yang bertransformasi menjadi iblis selama turnamen King of Iron Fist 3. Selama pencarian tersebut, Heihachi mengetahui bahwa mayat putranya, Kazuya, yang dia bunuh 20 tahun yang lalu, disimpan di firma bioteknologi canggih bernama G Corporation. Heihachi kemudian memerintahkan pasukan Tekken Force-nya untuk menyerang G Corporation dalam upaya mendapatkan jenazah Kazuya. Namun, misi tersebut berakhir gagal ketika Kazuya, yang dihidupkan kembali oleh G Corporation, menyerang balik.
Untuk menciptakan bentuk kehidupan baru, Heihachi membutuhkan tubuh Kazuya atau Jin, yang mana keduanya membawa Gen Iblis. Setelah banyak pertimbangan, sebuah senyum jahat tersungging di bibir Heihachi. Keesokan harinya, turnamen King of Iron Fist 4 diumumkan.
Di Tekken 4, Heihachi bertindak sebagai bos terakhir, dan dia dapat dibuka dengan cara mengalahkan Story Mode sebanyak delapan kali dengan karakter berbeda.
Kelanjutan cerita Heihachi di Tekken 4 sudah saya jelaskan di profil Kazuya Mishima dan Jin Kazama. Jika ingin mengetahui detailnya, silahkan baca kedua profil tersebut.
Kisah Heihachi berlanjut di Tekken 5. Setelah kalah oleh Jin di kuil Hon-Maru, skuadron robot Jack mengepung Heihachi dan Kazuya. Mereka awalnya melawan para robot Jack tersebut, namun Kazuya melarikan diri, sehingga Heihachi harus melawan para robot tersebut sendirian.
Pertarungan tersebut bisa saja membunuh orang biasa, namun Heihachi bukan orang biasa. Dia berhasil menghadang para robot Jack dan selamat dari penyergapan. Sebulan kemudian, dia mengetahui bahwa seseorang telah mengambil alih kendali Mishima Zaibatsu dan mengumumkan turnamen King of Iron Fist 5. Orang tersebut tidak lain adalah Jinpachi Mishima, ayah Heihachi yang ditawan oleh anaknya sendiri di Hon-Maru selama 40 tahun, sehingga dirasuki setan. Heihachi kemudian bersiap bertarung lagi.
Pada akhirnya, turnamen kelima dimenangkan oleh Jin Kazama, yang mana di akhir cerita Tekken 5 menjadi kepala Mishima Zaibatsu yang baru, menggantikan sang kakek, setelah mengalahkan Jinpachi Mishima.
Setelah itu, Mishima Zaibatsu mengumumkan turnamen King of Iron Fist 6. Heihachi sangat marah ketika mendengar Jin telah mengambil alih Mishima Zaibatsu, dan dia bertolak ke turnamen untuk memperoleh kembali perusahaan pimpinannya tersebut.
