Namun seiring berjalannya musim, terlihat bahwa Yamaha memang tertinggal dari Honda. Baik Lorenzo maupun Pedrosa mengalami cedera di awal musim sehingga absen pada GP Jerman.
Sementara Valentino Rossi walau berhasil tampil memukau di Qatar belum menemukan konsistensi serta sinerginya kembali dengan Yamaha M1.
Sehingga penampilan Rossi kurang mentereng dengan hanya memenangkan satu balapan di Assen Belanda serta enam podium lainnya, Rossi lebih sering menjadi orang ke empat di persaingan Marquez, Lorenzo dan Pedrosa.
Sementara Marquez yang saat itu masih berstatus debutan, berhasil memenangkan enam balapan, finish di podium 16 kali dan hanya dua kali tidak mencetak poin.
Sampai pada GP Australia, Marquez unggul 43 poin dari Jorge Lorenzo yang menjadi pesaing terdekatnya.
GP Australia tahun 2013 mengharuskan pembalap untuk mengganti motor pada lap ke 10 karena lintasan pada saat itu habis di aspal ulang. Aspal baru tersebut sangat menguras kompon ban dan berbahaya jika balapan dilakukan lebih dari 15 lap dengan ban yang sama.
Sehingga untuk mensiasati hal itu, pihak GP Australia membuat aturan luar biasa yang mengharuskan pembalap berganti motor dengan ban baru pada lap 10.
Tim Repsol Honda salah mengartikan peraturan itu dan baru menyuruh Marquez mengganti motor pada awal lap 11 sehingga Marquez lalu didiskualifikasi.
Selisih poin yang tadinya 43 poin mengecil menjadi 18 poin karena Jorge Lorenzo berhasil memenangkan balapan.
