Selain Yogyakarta, Pemerintah Pusat juga memberikan kekhususan bagi Ibu Kota Jakarta dengan sebutan Daerah Khusus Ibukota (DKI) Jakarta. Sebagai ibu kota, Pemerintah Provinsi DKI Jakarta berbeda dengan daerah-daerah lainnya di mana kota dan kabupaten (lima kota: Jakarta Pusat, Jakarta Selatan, Jakarta Barat, Jakarta Timur, Jakarta Utara, dan satu kabupaten: Kepulauan Seribu) bukan sebagai daerah otonom tetapi sebagai daerah adiministeratif sehingga para wali kota dan bupatinya tidak dipilih langsung oleh rakyat tetapi diangkat oleh Gubernur DKI Jakarta.
Gubernur dan wakil Gubernur langsung dipilih oleh rakyat. Mengacu pada UU No. 29 Tahun 2007 tentang Pemerintahan Provinsi Daerah Khusus Ibukota Jakarta, pemenang harus memperoleh suara lebih dari 50% suara sah. Selanjutnya dalam menjalankan tugas, Gubernur dan Wakil Gubernur dibantu 4 orang Deputi Gubernur. Deputi diangkat dari pegawai negeri sipil yang memenuhi persyaratan, yang diangkat dan diberhentikan oleh Presiden atas usul Gubernur.
Selain kedua daerah di atas, dalam era reformasi ini sesuai dengan perkembangan dan dinamika politik yang terjadi, Pemerintah Pusat juga memberikan status otonomi khusus kepada Provinsi Papua, Papua Barat dan Aceh. Untuk otonomi khusus Provinsi Papua dan Papua Barat diatur melalui UU No. 21 Tahun 2001. UU ini mengatur kewenangan-kewenangan Provinsi Papua dalam menjalankan Otonomi Khusus.
Pemerintahan Daerah Provinsi Papua terdiri atas Dewan Perwakilan Rakyat Papua (DPRP) sebagai badan legislatif, dan Pemerintah Provinsi sebagai badan eksekutif. Dalam rangka penyelenggaraan Otonomi Khusus di Provinsi Papua dibentuk Majelis Rakyat Papua (MRP) yang merupakan representasi kultural orang asli Papua yang memiliki kewenangan tertentu dalam rangka perlindungan hak-hak orang asli Papua, dengan berlandaskan pada penghormatan terhadap adat dan budaya, pemberdayaan perempuan, dan pemantapan kerukunan hidup beragama.
Kekuasaan legislatif Provinsi Papua dilaksanakan oleh DPRP. Jumlah anggota DPRP adalah satu seperempat kali dari jumlah anggota DPRP Provinsi Papua sebagaimana diatur dalam peraturan perundang-undangan. Sebagai contoh mudah, jika jatah anggota DPRD Papua menurut UU Susduk MPR, DPR, DPD, dan DPRD adalah 100 kursi maka jumlah kursi DPRP adalah 125 kursi  Pemerintah Provinsi Papua dipimpin oleh seorang kepala Daerah sebagai Kepala Eksekutif yang disebut Gubernur.Â
IMPLEMENTASI OTONOMI KHUSUS DI TANAH PAPUA ADALAH KEBUTUHAN POLITIK
Pemberian Otonomi khusus bagi provinsi papua dan papua barat oleh pemeintah pusat melalui pelaksanaan undang-undang Nomor 21 tahun 2001 karena provinsi papua dan papua barat memiliki latar belakang sejarah yang berada dengan daerah lain di indonesia.
Keputusan mahkamah kostitusi Nomor 81/puu-vIII/2010 secara tegas dan jelas menjelaskan tentang mengapa suatu daerah dapat di tetapkan menjadi daerah khusus haruslah dengan kriteria yang berada.
Suatu daerah di tetpakn sebagai daerah khusus jika kekhususan itu terkait dengan kenyataan dan kebutuhan politik yang,mengharuskan suatu daerah di berikan suatu daerah status khusus yang tidak bisah di samakan dengan daerah lainnya.
Suatu daerah di tetapkan sebagai daerah istimewa daerah dapat di tetapkan menjadi daerah tersebut terkait dengan hak asal-usul dan kesejarahan daerah tersebut sejak sebelum  lahirnya negara kesatuan republik indonesia
Provinsi papua dan papua barat di berikan otonomi khusus karena merupakan kebutuhan politik pemerintah pusat dalam rangka menyakinkan masyarakat papua,atau pemerintah daerah provinsi papua dan papua barat,bahwa negara memiliki suatau jaminan bahwa negara mampu memberikan kesejahtraan sesuai dengan cita-cita dan tujuan negara.
