Situasi ini, ditambah insiden "pemberontakan" Hesperia Mutiny di musim panas 1988, membuat Barca melakukan perombakan besar-besaran. Selain menjual sejumlah pemain, Johan Cruyff juga didatangkan sebagai pelatih.
Di sini, Rexach masih dipertahankan sebagai asisten pelatih. Tapi, pada era kepelatihan The Prince (1988-1996) ia sempat dua kali bertugas (lagi) sebagai pelatih sementara Azulgrana.
Momen pertama terjadi pada akhir musim 1990-1991, tepatnya sejak bulan Februari tahun 1991. Kala itu, Cruyff harus beristirahat sejenak, karena menjalani operasi bypass jantung.
Operasi ini dilakukan, setelah sang legenda Belanda mengalami serangan jantung, akibat hobi merokoknya yang gila-gilaan sejak muda, dan tekanan berat sebagai pelatih Barcelona. Hobi merokoknya ini, kelak juga menjadi salah satu pemicu kematiannya pada tahun 2016, akibat terkena kanker paru-paru.
Meski bertugas sebagai pelatih sementara dalam keadaan darurat, periode ini berakhir menyenangkan, karena Pep Guardiola dkk berhasil dibawanya menjadi juara La Liga Spanyol musim 1990-1991. Tentunya, dengan dibantu arahan Cruyff dari balik layar.
Gelar ini menandai akhir dominasi Real Madrid selama lima tahun terakhir, dan menjadi gelar pertama dari empat gelar liga beruntun Barca bersama Cruyff. Sebuah rekor yang masih bertahan sampai sekarang.
Periode ini juga menandai awal mekarnya era "The Dream Team", yang memahkotai kesuksesan mereka dengan  gelar Liga Champions musim 1991/1992. Trofi Liga Champions pertama sepanjang sejarah klub.
Rexach lalu bertugas lagi sebagai pelatih sementara Barcelona, saat Cruyff dipecat pada bulan Mei 1996. Kala itu, penurunan performa klub, dan perselisihan sang meneer dengan petinggi klub membuat Rexach harus kembali bertugas di pinggir lapangan.
Di sini, Charles Rexach bertahan sampai Barca menunjuk Sir Bobby Robson sebagai pelatih Barcelona di musim panas 1996. Setelahnya, ia bertugas sebagai pencari bakat klub, peran yang sempat ditinggalkannya saat melatih Yokohama Flugels, klub Liga Jepang, pada tahun 1998.
Selesai sampai di situ?
Ternyata belum.
