Masa kepemimpinan Soeharto yang cukup lama itu dengan berbagai kontroversial, sering disebut juga sebagai otoriter bagi yang berseberangan dengannya. Satu presiden dengan enam wakil. Wakil presiden boleh berganti, tetapi presidennya tetap Soeharto.
Harus diakui bahwa selama masa orde baru ini banyak kemajuan baik berupa pembangunan fisik maupun pembangunan mental melalui Penataran P4 yaitu Pedoman Penghayatan dan Pengamalan Pancasila.Â
Jenderal Besar Soeharto yang memimpin Indonesia selama kurang lebih 31 tahun, akhirnya dilengserkan melalui Revolusi Mei 1998.
Masa Kepemimpinan Presiden B.J. Habibie (21 Mei 1998 s/d 20 Oktober 1999)
Sebelumnya beliau adalah wakil presiden RI ke-7 menggantikan Try Sutrisno. Sebelumnya beliau adalah Menteri Riset dan Teknologi RI. B.J. Habibie menggantikan Soeharto yang mengundurkan diri dari jabatan Presiden pada tanggal 21 Mei 1998. Beliau merupakan presiden pertama RI yang terlahir di luar Jawa.
Masa Kepemimpinan Presiden  K.H. Abdurrahman Wahid (20 Oktober 1999 s/d  23 Juli 2001)
Lebih akrab dipanggil Gus Dur dipilih oleh MPR hasil Pemilu 1999 menggantikan B.J. Habibie sebagai Presiden RI ke-4. Dalam menjalankan tugasnya sebagai Presiden, Gus Dur dibantu oleh Wakil Presiden Megawati Soekarnoputri. Mandatnya sebagai Presiden ke-4 dicabut oleh MPR pada 23 Juli 2001 dan digantikan oleh Megawati Soekarnoputri.
Masa Kepemimpinan Presiden ke-5 Megawati Soekarnoputri (23 Juli 2001 s/d 20 Oktober 2004)
Megawati Soekarnoputri merupakan Presiden RI ke-5 dan sekaligus Presiden Wanita pertama di Indonesia. Wakil Presidennya adalah H. Hamzah Haz. Â Pada pemilihan umum presiden 20 September 2004, ia kalah suara dari Susilo Bambang Yudhoyono pada pemilu putaran kedua.
Masa Kepemimpinan Presiden ke-6 Susilo Bambang Yudhoyono (20 Oktober 2004 s/d 20 Oktober 2014)
SBY merupakan Presiden pertama di masa Reformasi yang terpilih melalui pemilihan umum presiden secara langsung. Beliau menjadi presiden RI-6 selama dua periode sejak era Reformasi, dengan dua wakil presiden. Periode pertama beliau dibantu oleh Wakil Presiden Jusuf Kalla (2004-2009) dan pada periode kedua oleh  Boediono (2009-2014).
