Bidang pertahanan merupakan persoalan utama yang dihadapi Daendels. Daendels dihadapkan pada lemahnya angkatan bersenjata dan pertahanan Jawa terhadap serangan Inggris. Karenanya Daendels membuat dua kebijakan mendesak untuk memperkuat pertahanan Hindia-Belanda. Kebijakan pertama yang dilakukan Daendels dalam bidang pertahanan adalah melakukan rekruitmen terhadap kaum pribumi untuk dilatih menjadi militer (milisi). Kebanyakan serdadu Bumiputera tersebut berasal dari Manado, Jawa, dan Madura. Dengan demikian ia berhasil menambah jumlah angkatan bersenjatanya mencapai 18.000 hingga 20.000 serdadu.
Hampir semua bidang dijamah oleh rencana Daendels untuk mendukung kelengkapan dalam bidang militer tersebut. Misalnya saja, untuk menyediakan perlengkapan seragam militer, para petani dipaksa memintal benang dan menenun kain. Para pembuat gamelan di Semarang diubah menjadi pekerja pabrik mesiu untuk keperluan senjata. Sentra pengrajin peralatan dapur tembaga di Gresik diubah menjadi pabrik senjata. Koningsplein (Lapangan Merdeka) dijadikan tempat pelatihan militer, dan sebuah pangkalan angkatan laut dibangun di Surabaya (Prakitri, 2006:89-96).
Sementara itu, kebijakan kedua yang dilakukan Daendels dalam bidang pertahanan adalah pembangunan Grote Postweg (Jalan Raya Pos) Anyer sampai Panarukan. Jalan yang panjangnya kurang lebih 1000 km ini dibangun untuk mendukung mobilitas militer, terutama menjaga pos-pos pertahanan penting di sepanjang pantai utara Jawa (Prakitri, 2006:89-96)999. Daendels juga memberlakukan kerja rodi untuk pembangunan proyek raksasa tersebut. Waktu yang mendesak serta banyaknya tenaga yang dibutuhkan untuk pembangunan jalan tersebut menyebabkan kerja rodi menjadi pilihan bagi Daendels.
Keberadaan Jalan Raya Pos tersebut (sekarang dikenal dengan Jalur Pantura) tidak hanya memberikan keuntungan di bidang militer saja, tetapi membawa arti penting bagi mobilitas ekonomi, sosial, bahkan politik. Dalam bidang ekonomi misalnya, semakin banyakhasil produk kopi dari pedalaman Priangan yang diangkut ke pelabuhan Cirebon dan Indramayu (sebelumnya tidak pernah terjadi dan produk itu membusuk di gudang-gudang kopi Sumedang, Limbangan, Cisarua dan Sukabumi). Dalam bidang perhubungan misalnya, transportasi menjadi semakin mudah dan lancar. Jarak antara Surabaya-Batavia yang sebelumnya ditempuh 40 hari bisa dipersingkat menjadi 7 hari. Hal ini sangat bermanfaat bagi pengiriman surat yang dikelola oleh dinas pos.Mulai sejak saat itulah, nama jalan raya proyek Daendels ini dikenal dengan nama “jalan raya pos”.
2. Bidang Politik
Kebijakan pertama yang dilakukan Daendels dalam bidang politik adalah reformasi administrasi secara total. Daendels mengangkat semua bupati Jawa menjadi pejabat pemerintah Belanda untuk melindungi mereka dari pemerasan yang dilakukan oleh pejabat Belanda.Dewan Hindia yang memegang posisi penting dalam struktur pemerintahan kolonial Belanda tidak boleh lagi ikut berkuasa. Badan ini hanya menjadi embel-embel kekuasaan gubernur Jenderal (Prakitri, 2006:89-96).
Daendels berusaha keras melaksanakan pemusatan kekuasaan. Menurut Daendels, kekuasaan pejabat yang diwariskan VOC terlalu besar sehingga mudah untuk memperkaya diri dengan cara melakukan korupsi. Daendels melaksanakan maksudnya dengan menghapus Gubernemen Pantai Jawa Timur Laut. Selain itu, Residen Kerajaan Jawa yang berada di bawah Gubernur diambil alih oleh pemerintah pusat Batavia. Daerah Jawa di luar kerajaan Surakarta dan Yogyakarta dibagi menjadi sembilan daerah administratif yang disebut dengan Prefektorat, yang kelak pada masa pemerintahan Raffles diubah dengan nama Gewest (Karesidenan).
3. Pemberantasan Sistem Feodal
Daendels menjalankan pemerintahannya dengan memberantas sistem feodal yang pada awalnya sangat diperkuat oleh VOC. Hak-hak Bupati mulai dibatasi untuk mencegah penyalahgunaan kekuasaan, terutama yang menyangkut penguasaan tanah dan pemakaian tenaga rakyat. Status Rajayang selama masa VOC dianggap sebagai sekutu, diturunkan menjadi pegawai biasa. Penurunan status ini menyebabkan terhapusnya tanda kehormatan para Raja, seperti payung dan kereta kebesaran (Kartodirdjo, 1992:291-292). Pada masa pemerintahan Gubernur-gubernur sebelum Daendels, para Residen Belanda diperlakukan sama seperti para penguasa daerah yang menghadap raja-raja Jawa, yaitu dengan duduk di lantai dan mempersembahkan sirih sebagai tanda hormat kepada Raja Jawa. Menurut Daendels, Residen tidak layak lagi diperlakukan seperti itu. Daendels yang berpikiran rasional menganggap sikap terlalu menghormati Raja adalah sesuatu yang berlebihan.
Daendels kemudian membuat beberapa peraturan untuk menjelaskan kepada rakyat bahwa kekuasaan tertinggi berada di Batavia, bukan di tangan Raja-raja. Residen (pada masa pemerintahan Daendels disebut menteri) berhak duduk sejajar dengan Raja, memakai payung seperti Raja, tidak perlu membuka topi atau mempersembahkan sirih kepada raja, dan harus disambut oleh raja dengan berdiri dari tahtanya ketika Residen datang ke keraton. Pada saat Residen bertemu di tengah jalan dengan Raja, Residen tidak perlu turun dari kereta, tetapi cukup membuka jendela kereta dan boleh berpapasan dengan kereta Raja.
4. Sekulerisasi Pemerintahan
