Seperti kita ketahui, saat ini PT. KBN atau PT Kawasan Berikat Nusantara sedang bersengketa dengan PT. Karya Citra Nusantara dan PT. KTU terkait konsesi pelabuhan PT. KCN di Marunda.
Gugatan Kawasan Berikat sendiri didaftarkan di Pengadilan Negeri Jakarta Utara dengan nomor perkara dengan nomor perkara 70/Pdt.G/2018/PN.Jkt.Utr pada 1 Februari 2018.
Selain menggugat Karya Citra (tergugat 1), Kawasan Berikat juga turut menggugat Kementerian Perhubungan, dalam hal ini Direktorat Jenderal Perhubungan Laut, dalam hal ini Kantor Kesyahbandaran dan Otoritas Pelabuhan kelas V Marunda (tergugat 2), dan PT Karya Teknik Utama (tergugat 3).
Namun, ada hal yang menarik karena jika dirunut ke beberapa tahun kebelakang, ada beberapa kasus yang berhubungan dengan BUMN satu ini baik terkait hak lahan ataupun hal lainnya.
Contohnya, ada pada 2013 ketika Puluhan perusahaan di Kawasan Berikat Nusantara (KBN) resah dengan intimidasi yang dilakukan satpam pengelola KBN Marunda. Sebab, sebanyak 20 perusahaan itu kini harus segera mengosongkan perusahaan yang mereka tempati lebih dari 20 tahun.
Pengelola KBN Marunda menganggap 20 perusahaan tersebut tidak bersedia membayar Perpanjangan Penggunaan Tanah Industri (PPTI) yang mereka tempati senilai Rp 540 ribu hingga Rp 660 ribu per meter.
Berdasarkan penelusuran di laman online, dijelaskan bahwa para perusahaan ini menolak karena PT. KBN dianggap menaikkan harga Perpanjangan Penggunaan Tanah Industri (PPTI) dengan sepihak
 "Kita diperlakukkan sebagai penyewa. Kita beli HGB sekaligus diatas HPL. Perjanjian Penggunaan Tanah Industri. Kita kan punya HGB, secara UU kita tidak perlu bayar. Dan Managemen KBN kaya Preman. Dalam surat kita dianggap penghuni liar," kata Wakil Forum Komunikasi Investor KBN Marunda Christian Sutanto di Jakarta Utara.
Ia juga mengaku, perusahaan yang mereka tempati dibeli dengan status Hak Guna Bangunan (HGB) selama 20 tahun. "Dalam perjanjian PPTI per meternya Rp 37 ribu tahun 1993. Tahu-tahu kita dikasih surat dari pengelola harus membayar Rp 660 ribu per meter sesuai penilaian mereka sendiri," jelasnya.
Pada tahun 2016, terdapat juga kasus tata kelola  dengan PT. Multicon Indrajaya Terminal. Seperti dikutip dari radarkotanews.com diduga ada oknum yang bermain.
"Kami sebagai karyawan Multicon sangat menyangkan langkah perusahaan BUMN (PT. KBN) tersebut, mereka sangat arogan padahal KBN telah wanprestasi terhadap Perusahaan kita (MULTICON), mereka tidak komitmen sesuai dengan yang telah disepakati dalam perjanjian kerjasama pengelolahan depo tersebut yang seharusnya berahir 2023," ujur Ferry didepan PT. KBN, Jakarta Utara.
