Semua aturan yang kita jalani berlandaskan tafsiran Al-Qur'an para ulama'. Para ulama' yang menafsirkan Al-Qur'an biasanya disebut sebagai Mujtahid. Mujtahid adalah mereka yang melakukan sebuah Ijtihad. Ijtihad jika di dalam bahasa Indonesia disebut usaha. Maka dari itu tafsiran-tafsiran tersebut juga masih dalam bentuk usaha untuk menjelaskan arti agama, dan bukan hasil akhir. Jika tafsiran tersebut yang dijadikan sebagai hasil akhir untuk menjelaskan agama ternyata dibantah oleh pembuktian sains, maka seakan-akan kebenaran agama juga ikut runtuh. Padahal bukan agama yang yang runtuh, tetapi pemahaman tentang agama.
Di dalam beragama memang harus berpegang teguh kepada tafsiran, dan kita tidak boleh melangkahinya. Tafsiran juga bisa kita anggap sebagai doktrin kita dalam beragama. Tetapi jika suatu doktrin itu dijadikan sebagai dasar pemikiran, maka akan berkembang menjadi sebuah doktrin yang sulit untuk diruntuhkan. Sebuah kepercayaan itu juga harus disertai dengan pemikiran yang dilandasi oleh keilmuan. Ilmu yang melandasi berfikirnya seseorang inilah yang disebut filsafat.
Filsafat adalah pandangan tentang dunia. Filsafat mengkaji sesuatu tidak dengan satu sudut pandang saja, tetapi filsafat juga suatu kegiatan berfikir dengan memandang beberapa sudut pandang dan sistematis sehingga memunculkan suatu kebijaksanaan hidup. Berfikir filsafat sangat khas dengan caranya yang menyikapi segala persoalan hidup dengan kritis, bijak, dan radikal. Radikal yang maksud di sini adalah berfikir sampai keakar-akarnya dan menembus segala realitas yang diciptakan oleh masyarakat.
Filsafat mencoba untuk mengkaji hakikat segala sesuatu. Dengan mengkaji hakikat segala sesuatu tersebut maka akan mendapatkan makna yang mendalam, yang membedakan antara sesuatu itu dengan sesuatu yang lain. Misalnya kita mengkaji Islam, maka kita mencoba untuk mengkaji ulang hakikat agama Islam yang sebenarnya, yang membedakan antara Islam dengan agama yang lainnya.
Oleh karena itu ketika ada suatu pertentangan antara wacana ilmu pengetahuan dan ajaran agama, maka filsafat mencoba untuk merenungkan hal tersebut. Karena kita pun tidak sepenuhnya menganggap bahwa kehidupan ini memang sudah benar seperti ini, terkadang muncul kecurigaan bahwa ada yang salah dalam kehidupan ini. Kita mencoba untuk melihat kehidupan dengan pandangan yang luas dan bukan dengan satu sudut pandang saja.
Seperti pada pertentangan teori Charles Darwin yang sebelumnya. Jika memang nenek moyang manusia adalah kera, apakah kera yang dimaksud adalah kera seperti yang kita temui pada zaman sekarang? Kalau manusia adalah evolusi dari kera, kenapa masih banyak kera-kera yang saat ini tidak berevolusi juga? Maka dari itu jika cerita zaman dahulu kita maknai seperti zaman sekarang, maka itu sudah berupa kesalahan fatal. Kebenaran agama seakan-akan telah runtuh.
Berfikir secara menyeluruh itulah yang digunakan untuk menengahi antara gejolak agama dan ilmu pengetahuan. Kita sebagai umat beragama harus meyakini terlebih dahulu kebenaran yang ada pada agama. Jika ada pertentangan pasti ada kesalahan antara keduanya yang dimana kesalahan itu berasal dari manusia, bukan agama itu sendiri. Jadi pertentangannya masih antara manusia dengan manusia. Itulah salah satu bentuk penengahan antara pertentangan agama dan ilmu pengetahuan.
