Metode ini tidak sepenuhnya menggantikan SAD atom berat, tetapi memberikan alternatif yang layak untuk kasus-kasus di mana penggunaan kristal asli sangat penting, menjaga integritas struktural sampel yang halus. Data struktur yang dihasilkan, jika digabungkan dengan alat seperti BLEND, dapat menciptakan gambaran yang lebih jelas dan lebih lengkap.
Analisis Klaster Hirarkis Giordano et al. untuk Mengidentifikasi Kristal Isomorf
Metode menarik lainnya datang dari Giordano et al. (2012), yang mengeksplorasi teknik pengelompokan hierarkis untuk mengidentifikasi kristal isomorf---kristal yang secara struktural identik dan, oleh karena itu, ideal untuk menggabungkan set data.Â
Pendekatan Giordano menerapkan analisis klaster hierarkis berdasarkan koefisien korelasi, yang membantu pengelompokan sistematis kumpulan data kristal yang serupa. Pendekatan ini khususnya berguna saat kristal beku, yang sering kali rentan terhadap perubahan struktural, menampilkan variasi dalam isomorfisme (atau identitas struktural).Â
Dengan mengelompokkan hanya data dari kristal yang identik secara struktural, metode Giordano secara signifikan meningkatkan kualitas data, sehingga memungkinkan penggabungan kumpulan data tanpa menimbulkan "gangguan" struktural.
Pengelompokan hierarkis dilakukan dengan menghitung matriks korelasi berdasarkan data difraksi. Kristal yang menunjukkan skor korelasi yang lebih tinggi cenderung isomorfis, sehingga menjadi kandidat yang cocok untuk penggabungan.Â
Proses ini memastikan bahwa hanya kumpulan data yang paling mirip yang berkontribusi pada analisis akhir. Seperti pendekatan yang digunakan dalam BLEND, metode pengelompokan ini membantu peneliti memilih data terbaik sekaligus meminimalkan dampak variasi struktural yang disebabkan oleh pembekuan atau faktor lingkungan lainnya.
Pendekatan hierarkis terbukti sangat berharga dalam eksperimen yang melibatkan beberapa kristal dengan jenis protein yang sama, yang sangat penting untuk menjaga integritas struktural. Karya Giordano menunjukkan bagaimana pendekatan pengelompokan sistematis dapat memberikan hasil yang lebih andal bagi para ahli kristalografi dan berkontribusi untuk memahami struktur biologis dengan lebih akurat.
Cara Kerja Metode-Metode Ini Bersama-sama
Masing-masing metode ini---pengelompokan otomatis BLEND, SAD asli Liu, dan analisis hierarkis Giordano---memiliki tujuan yang berbeda tetapi bekerja secara sinergis untuk mendukung analisis data multi-kristal dalam kristalografi makromolekuler.Â
BLEND adalah "pekerja keras", yang membantu para ahli kristalografi mengotomatiskan proses pengelompokan dan penggabungan kumpulan data. Dengan memilah data dengan cepat, BLEND membantu para peneliti untuk hanya berfokus pada data terbaik, sehingga menghemat waktu dan tenaga yang berharga.
Dalam kasus di mana para peneliti perlu menghindari modifikasi atom berat, metode SAD asli Liu menawarkan alternatif dengan meningkatkan sinyal anomali dari atom asli protein. Pendekatan ini khususnya berguna untuk protein yang rapuh atau situasi di mana mempertahankan struktur asli merupakan prioritas.
 Terakhir, pengelompokan hierarkis Giordano memastikan bahwa hanya kristal yang paling identik secara struktural (isomorf) yang digabungkan, sehingga meningkatkan kualitas keseluruhan kumpulan data yang dihasilkan.
