(tidak akan cocok untuk selera orang jaman "now")
 selain hal di atas, game ini memiliki 2 tema yang cukup kelam yaitu "Memento Mori" (bahasa latin dari "Ingatlah Jika kamu akan MATI") yang akan sangat terasa pada akhir game dan beberapa karakter yang harus bertarung dengan depresi karena kehilangan orang yang mereka sayangi.
 Konon game ini sempat diprotes beberapa pihak karena dianggap mempromosikan "bunuh diri", untung saja orang-orang zaman dulu tidak sensitif seperti jaman Now sehingga game ini masih bisa beredar bebas di pasaran  .
 Berbicara tentang "Memento Mori", SPOILER ALERT!!!
 Karakter utama / main character (MC) di game ini pada akhirnya memilih untuk mengorbankan dirinya (Baca : mati) untuk menyegel (The Great Seal) boss terakhir  dan membuat fenomena Dark Hour menghilang sekaligus MENGHILANGKAN INGATAN semua orang tentang Dark Hour kecuali Aigis, Android yang memiliki hubungan masa lalu dengan MC.
(siapa yang menaruh bawang di sini)
 Karena banyak yang tidak suka dengan ending ini maka dibuatlah "Persona 3 : FES" yang memberikan 2 cerita yaitu The Journey (mengulang Persona 3 dengan berbagai fitur tambahan) dan The Answer dimana pemain mengendalikan Aigis (sekarang mewarisi kemampuan MC untuk mengganti Persona) yang mencari cara untuk bisa "Move On" dari kematian MC.Â
Meskipun harus terlibat Battle Royale dan Time Travel pada akhirnya kematian MC tidak bisa dibatalkan karena MC sudah melakukan "sesuatu" yang sangat penting bagi umat manusia. Tapi secara tidak langsung kehadiran Persona 4 dan 5 cukup merusak ending game ini (pengorbanan MC yang menjadi sia-sia karena kelak akan muncul fenomena-fenomena lain).
