Ketika perang melawan penjajahan Jepang, NU berada paling depan. Darah dan nyawa, serta harta dipertaruhkan demi membela agama dan negara. KH Hasyim Asaary sampai rela di penjara, bahkan disiksa olah Jepang, karena memegang prinsip-prinsip islam.
Sewaktu itu KH Muhammad Hasyim Asaary diminta dengan paksa oleh tentara Jepang menghadap Matahari, tetapi beliau menolak. Beliau tetap kekeh memegang prinsip, bahwa itu perbuatan syirik. Padahal, beliau bisa saja berpura-pura menghadap Matahari, tetapi hatinya tetap menghadap Allah SWT. Sebagaimana Imam Al-Syafii. Dan itu dibolehkan dalam islam.
Imam Al-Syafii  ra, beliau pernah dipaksa mengakui bahwa Alquran itu adalah "Mahluk". Dengan kecerdasannya, Imam Al-Syafii ngakali (membohongi) penguasa Mu'tajilah. Mu'tajial bertanya "apakah Alquran itu kalamullah atau mahluq? Imam Al-Syafii menjawab secara diplomatis. Sambil membawa mushaf di tangan kakannya, Imam mengangkat Mushaf itu, lalu berkata "kalau ini mahluq". Maksud Imam Al-Syafii adalah "mushaf yang berada ditangan beliau adalah mahluq". Tetapi, beliau tetap berkeyakinan bahwa Alquran itu adalah Kalamullah.
Ketika melawan penjajahan Belanda, NU bersama kaum sarungan mati-matian membela agama dan bangsa. NU dan warganya, terdepan memimpin perang melawan penjajah Jepang dan Belanda. Mulai tingkat desa ranting, kota hingga memimpin pusat, NU memimpin perang melawan penjajah dengan cara geriliya.
Demi membangun sebuah loyalitas kepada masyarakat Muslim, khususnya warga NU, KH Muhammad Hasyim mengeluarkan sebuah fatwa "barangsiapa yang menyerupai sebuah kaum, maka mereka termasuk golongannya  (HR. Abu Dawud). Semua prilaku Belanda, tutur dan busanaya, tidak boleh ditiru oleh umat Islam di Nusantara. Langkah KH Muhamamd Hasyim Asaary berhasil. Penjajah belanda klimpungan.
Ketika Belanda melakukan agresi, KH Hasyim Asaary mengeluarkan resolusi Jihad. Ini dilakukan demi menjaga eksistensi sebuah negara, dan menjaga akidah Islamiyah. KH Hasyim Kemudian kaum sarungan dan semua elemen masyarakat diberbagai wilayah Nusantara, khsusunya di Jawa Timur (Surabaya) berjihad di jalan Allah SWT. Hanya dua pilihan "hidup mulia atau mati sahid".
Rabuan umat islam berlomba-lomba berangkat menuju Surabaya guna menyambut pasukan Belanda. KH Masjkoer Malang, memimpin kaum sarungan dari Malang dengan nama "Laskhar Sabilillah". Sedangkan KH Nawawi Ibn KH Thohir Bungkuk dan KH Oesman Mansoer memimpin Laskhar Hizbullah.
Untuk mengenang perjuangan kaum sarungan yang dipimpin oleh KH Masjkoer, maka dibangunlah masjid besar Sabilillah yang terletak di JL. Ahmad Yani Malang. KH Masjkoer sendiri yang memimpin pembangunan itu, Bersama tokoh-tokoh Malang, seperti KH Muhammad Tholhah Hasan.
Sementara, untuk mengenang jasa perjuangan laskhar Hizbullah, dibangulah masjid besar yang terletak di JL. Masjid si Singosari. Karena, salah satu pimpinan Laskhar Hizbullah adalah KH Nawawi Ibn KH Thohir Bungkuk seorang sufi. Hingga saat ini, Masjid Hizbullah menjadi pusat Pendidikan di Singosari.
Dalam catatan sejarah, pertempuran 10 Novermber 1945, tercatat paling besar. Konon, ada sekitar 22 ribu, pasukan yang terdiri dari santri, tantara, dan masyarakat ikut terbunuh (sahid) dalam pertempuran tersebut. Bagi yang bergama islam, mereka disebut dengan sahid. Sementara bagi yang beragama lain adalah pahlawan.
Dalam bernegara NU melihat Negara itu adalah rumah. Setiap orang harus memiliki rumah yang sangat teduh, juga memiliki keluarganya harmonis, sehingga bisa menjalankan kewajibannya dengan baik. Orang bisa beribadah dengan baik, khusu' ketika rumahnaya aman, dan keluarganya harmonis. Merusak negara, sama dengan merusak rumahnya sendiri. Indonesia itu adalah rumah yang paling teduh nan ramah bagi umat islam di dalam menjalankan perintah Allah SWT dan rasul-Nya.
