Dalam perkembangan selanjutnya antara Faisal Basri dan Amien Rais plus beberapa tokoh PAN lainnya memiliki pandangan yang cukup tajam dalam banyak hal. Termasuk tentang arah PAN ke depan.
Hal itu kemudian membuat Faisal Basri undur diri dari PAN. Ya, Faisal Basri mundur dari PAN pada tahun 2003. Berarti Faisal Basri hanya lima tahun menjadi tokoh dan anggota PAN.
Setelah keluar dari PAN, Faisal Basri kembali fokus menjadi staf pengajar dan pengamat ekonomi UI. Faisal Basri lebih memilih untuk tidak bergabung kembali dengan partai politik mana pun.
Pada masa pemerintahan Presiden Soesilo Bambang Yudhoyono (SBY) Faisal Basri sering melontarkan kritik terkait dengan kebijakan ekonomi. Tentang kebijakan Presiden SBY yang menurunkan harga BBM misalnya, menurut Faisal Basri hanya pencitraan.
Ketika Pemilu 2014 lalu, Faisal Basri lebih memilih mendukung capres (calon presiden) Joko Widodo (Jokowi) daripada mendukung capres Prabowo Subianto. Kemudian di periode pertama pemererintahan Presiden Jokowi, Faisal Basri pun jadi pendukung sang presiden.
Akan tetapi di periode kedua pemerintahan Presiden Jokowi, Faisal Basri memposisikan diri sebagai "oposisi". Faisal Basri sering menyerang dengan keras terkait kebijakan Presiden Jokowi tentang nikel, kereta api cepat, dan utang luar negeri misalnya.
Kini Faisal Basri telah kembali kepada Sang Pencipta. Semoga amal kebaikannya diterima oleh Tuhan Yang Maha Esa, Allah SWT.
