Karakter "jahat" yang ditampilkan dalam Naruto Shippuden Ultimate Ninja 5 antara lain tokoh-tokoh Akatsuki seperti Itachi, Deidara, Kisame, dan Sasori. Kemudian ada tokoh "jahat" dari luar Akatsuski seperti Haku, Zabuza, Kimimaro, Kidomaru, Sakon, Tayuya, Orochimaru (mantan Akatsuki), dan Kabuto.Â
Sedangkan beberapa karakter yang tidak dimunculkan sama sekali dalam Naruto Shippuden Ultimate Ninja 5, antara lain Hidan, Kakuzu, Obito, Konan, Zetsu, Raikage, Kushina, Rin, Madara, dan lain-lain. Hal itu mungkin disesuaikan dengan alur cerita dalam Naruto Shippuden Ultimate Ninja 5 sendiri.
Jurus-jurus atau jutsu yang digunakan oleh karakter Naruto dalam Naruto Shippuden Ultimate Ninja 5 juga cukup banyak. Ada Rasengan, Rasenshuriken, Kage Bunshin No Jutsu, Genjutsu, Fuuton Rasenshuriken, Chidori, Kirin, dan lain-lain. Tetapi dalam Naruto Shippuden Ultimate Ninja 5 tidak ditampilkan jutsu seperti Edo Tensei, Amaterasu, Hacimon Tonkou, Kamui,  Izanagi, dan lain-lain.
Game Naruto atau anime Naruto jika kita simak, sebetulnya lebih dari game atau anime untuk anak-anak. Alur ceritanya cukup "berat" bagi anak-anak karena banyak filosofi di dalamnya yang hanya bisa dipahami oleh orang dewasa.
Bahkan tidak sedikit pihak yang menilai bahwa game atau anime Naruto tidak cocok atau berbahaya bagi anak-anak. Salah satu alasannya karena di dalamnya banyak mengandung unsur kekerasan.
