Provinsi DKI Jakarta, dengan UU 29/2007, sebagai ibukota Indonesia memiliki kekhususan dalam penyelenggaraan pemerintahan. Berbeda dengan provinsi lainnya, DKI Jakarta terdiri atas "kabupaten administrasi" dan "kota administrasi", yang pimpinannya ditunjuk oleh Gubernur (tidak melalui Pemilukada).
Provinsi Papua dan Papua Barat memiliki kekhasan dengan adanya lembaga Majelis Rakyat Papua (MRP) sebagai lembaga representatif kultural masyarakat asli Papua, disamping Dewan Perwakilan Rakyat Papua (DPRP). Setiap tahun, kedua provinsi tersebut (beserta Aceh) menerima Dana Otonomi Khusus dari APBN, yang pada tahun 2012 ini mencapai 11,8 Triliun.
Provinsi DIY, memang dikenal memiliki status istimewa, meskipun hingga saat ini masih menunggu ditetapkannya rancangan undang-undang yang (konon) masih dibahas oleh DPR bersama Pemerintah.
Jadi, provinsi di Indonesia saat ini berjumlah 33 provinsi, atau 28 provinsi (minus 5 "daerah istimewa" dan "daerah khusus")?
