3. Penyediaan Aturan Pelaksanaan Otonomi Daerah yang Belum Memadai.
Ada dua penyebab utama yang mendasari hal ini terjadi. Pertama yaitu karena pemerintah pusat tidak serius memberikan hak otonomi kepada pemerintah daerah. Yang kedua yaitu desentralisasi sudah menggelembungkan semangat yang tak terkendali di kalangan sebagian elit di daerah sehingga memunculkan sentimen kedaerahan yang amat kuat. Istilah "putra daerah mulai mengemuka dimana-mana, masyarakat seperti mengharuskan bahwa yang harus menjadi pemimpin di suatu daerah adalah warga asli atau putra daerah.
4. Kondisi SDM Aparatur Pemerintahan yang Belum Menunjang Sepenuhnya Pelaksanaan Otonomi Daerah.
Desentralisasi atau otonomi daerah akan bisa berjalan dengan baik jika Sumber daya manusianya sudah menunjang. Karena sumberdaya manusia inilah yang berperan penting untuk menjalankan otonomi daerah. Sikap yang harus dimiliki oleh aparatur pemerintah yaitu sikap integritas, dengan adanya sikap integritas, setinggi apapun jabatan seseorang sebagai aparatur negara tidak akan melakukan pelanggaran, masalah besar yang dihadapi oleh indonesia saat ini adalah korupsi dan korupsi juga menunjukkan bahwa aparatur negara tidak memiliki integritas.
5. Korupsi di Daerah.
jika dipandang dari kacamata apapun perilaku pejabat publik yang cenderung menyukai menerima uang yang bukan haknya adalah tidak etis dan tidak bermoral, dana yang seharusnya dipergunakan oleh pemerintah daerah dengan baik malah dihambur-hamburkan atau digunakan untuk kepentingan pribadi.
6. Adanya Potensi Munculnya Konflik Antar Daerah
Undang-Undang Nomor 22 tahun 1999 Â menekankan bahwa tidak ada hubungan hierarki antara pemerintah provinsi dengan pemerintah kabupaten dan kota,sehingga pemerintah kabupaten dan pemerintah kota menganggap kedudukannya sama dan tidak taat kepada pemerintah provinsi. ancaman disintegrasi juga dapat memicu sebuah konflik, adanya potensi sumber daya alam di suatu wilayah, juga rawan menimbulkan perebutan dalam menentukan batas wilayah masing-masing.
