Pertama, zaman perang kemerdekaan dan masa kemerdekaan (1946-1949) yang dibagi dalam fase konsolidasi spiritual dan proses berdirinya HMI (November 1946-5 Februari 1947), fase berdiri dan pengokohan (5 Februari-30 November 1947), dan fase perjuangan bersenjata dan perang kemerdekaan, dan menghadapi pengkhianatan dan pemberontakan PKI I (1947-1949).
Kedua, zaman liberal (1950-1959). Pada masa ini HMI sibuk membina dan membangun dirinya sehingga menjadi organisasi yang solid dan tumbuh membesar.
Ketiga, zaman organisasi terpimpin atau zaman Orde Lama (1950-1965). Zaman ini dibagi dua fase, yakni fase pembinaan dan pengembangan organisasi (1950-1963), dan fase tantangan I (1964-1965). Pada fase tantangan I, HMI menghadapi upaya pembubaran oleh Partai Komunis Indonesia (PKI) yang dihadapi HMI dengan strategi PKI (Pengamanan, Konsolidasi, dan Integrasi). Pada masa ini juga Ketua HMI, Mar'ie Muhammad pada 25 Oktober 1965 berinisiatif mendirikan KAMI (Kesatuan Aksi Mahasiswa Indonesia).
Keempat, zaman Orde Baru (1966-1998). Zaman ini dibagi ke dalam fase kebangkitan HMI sebagai pejuang Orde Baru dan pelopor kebangkitan angkatan 66 (1966-1968), fase partisipasi HMI dalam pembangunan (1969-sekarang), dan fase pergolakan dan pembaruan pemikiran (1970-1998) yang "gong"-nya dilakukan Nurcholish Madjid (Ketua Umum PB HMI ketika itu) dengan menyampaikan pidatonya dengan topik "Keharusan Pembaruan Pemikiran dalam Islam dan Masalah Integrasi Umat" tahun 1970 di Taman Ismail Marzuki.
Kelima, zaman reformasi (1998 - sekarang). Zaman ini dibagi dalam fase reformasi (1998-2000) dan fase tantangan II (2000-sekarang). Dalam fase tantangan II HMI dituntut dapat terus eksis meskipun alumninya banyak tertimpa musibah dan HMI digerogoti berbagai macam permasalahan termasuk konflik internal di HMI sendiri.
Kelima fase zaman perjuangan tersebut di atas, HMI tak berhenti bergerak dan terus berbuat untuk kemerdekaan dan mengisi pembangunan di negara ini. Ini bukti faktual perjuangan HMI dalam mengabdikan diri dalam membela negara, memperjuangkan hak-hak rakyat, serta menjaga kesatuan Negara Kesatuan Republik Indonesia.
Proyeksi Masa Depan dan Tantangan HMI
Yang dihadapi oleh umat Islam dan rakyat Indonesia saat ini akan begitu berbeda dengan apa yang dihadapi oleh umat Islam dan rakyat terdahulu. Dalam beberapa kurun waktu terakhir, sederet persoalan empirik kian ramai muncul mewarnai potert kebangsaan dan keumatan tanpa solusi yang ampuh. Keterbelakangan, kebodohan, kemiskinan, ketidakadilan, hak asasi manusia, demokrasi, lingkungan hidup, penindasan dan sederat persoalan lainnya datang silih berganti. Kini semakin memperkuat Tanggung jawab besar HMI untuk merespos secara dinamis akar problem yang dimaksud. Guna mengeluarkan negara ini dari titah belenggu persoalan tersebut. Tentu ini tidak mudah, butuh proyeksi dini dan kematangan himpunan untuk terus melakukan logika kontrol secara masif dan komprensif dalam kiprahnya ke depan.
Akbar Tanjung dan Nurcholish Madjid pernah mengatakan bahwa kiprah HMI dalam perjuangan sangat aktif, melebihi organisasi mahasiswa yang lain. Dimana HMI sampai dengan usia ini, lebih menghadirkan dirinya di tengah-tengah masyarakat Indonesia sehingga keduanya pun mengatakan tidak berlebihan kalau dikatakan sejarah HMI adalah bagian logis dari sejarah bangsa Indonesia (dalam Ali, 1997; Madjid, 1990). HMI adalah organisasi besar, organisasi tertua di Indonesia, kaya pengalaman, pencetak para raksasa intelektual, banyak anggota dan alumni dan sebagainya. Tentu motifasi Akbar Tanjung dan Cak Nur di atas, tidak melebihi sebuah pesan perjuangan dengan nilai sprit institusi yang kuat bagi kader intelektual HMI masa kini agar niscaya dengan semangat ikrarnya terus melakukan perubahan, siap mengawal tantangan masa depan dan giat melakukan aksi nyata bagi kemajuan bangsa dan negara ini.
Selain itu, proyeksi HMI masa depan juga dipandang berbeda oleh para pembesar HMI lainnya. Dengan melihat kondisi riil negara dan HMI saat ini yang semakin kompleksitas, maka sejarawan HMI, Prof. DR. H. Agussalim Sitompul (2008) juga ikut merumuskan tantangan internal maupun eksternal dalam proyeksi HMI kedepan, Pertama, HMI akan tetap eksis dan bangkit kembali dari kemunduran dan keterpurukan yang melanda selama lebih kurang 25 tahun terakhir. Hal ini dapat dicapai apabila HMI mampu melakukan perubahan, dengan agenda-agenda perubahan mendasar yang selama ini didukung dengan pondasi-pondasi penyangga HMI. Kedua, HMI status qou. Keberadaan HMI akan tetap seperti sekarang dengan segala kelebihan dan kekurangannya. Hal ini akan terjadi manakala HMI enggan melakukan perubahan, dan tantangan yang dihadapinya tak kunjung terselesaikan. Bahkan kondisi saat ini akan lebih parah lagi untuk masa-masa mendatang, apabila HMI tetap merasa dirinya sebagai organisasi mahasiswa terbesar dan tertua di Indonesia sebagai kesombongan historis yang kini menghinggapinya. Lebih daripada itu HMI tidak mau mendengar dan memperhatikan kritik yang konstruktif baik dari luar maupun dari intern HMI yang banyak dialamatkan pada HMI. Dimana kritikan dan saran perbaikan itu oleh PB HMI, Badan Koordinasi, Cabang-cabang, Koordinator Komisariat dan Komisariat-komisariat HMI di seluruh Indonesia dianggap angin lalu saja.
Ketiga, HMI akan hilang dari peredaran untuk tidak dikatakan bubar. Hal ini terlihat dimana hingga kini belum ada tanda-tanda perubahan ke arah perbaikan yang semestinya sesuai dengan tuntutan kontemporer.
Proyeksi sejarawan HMI yang dirumuskan diatas pula, tak ubahnya menjadi tugas besar dan pekerjaan rumah (home work) bagi kader dan himpunan ini kedepan. Karena masa depan HMI dan harapan seluruh masyarakat Indonesia akan terlahir dari eksistensi gerakan dan perjuangan massif himpunan ini. Tentunya sebuah harapan besar akan perubahan akan ternantikan disana. Oleh karena itu, dengan lahirnya sprit momentum Dies Natalis/ Milad HMI ke-65 tahun kali ini, yang jatuh pada Minggu, 5 Feburari 2012 diharapkan mampu segera berubah untuk kembali bangkit dan berperan untuk kepentingan umat dan bangsa di masa depan. Sebagai penutup, dengan sedikit meminjam ungkapan Sulastomo (2008) sebagai kader umat dan kader bangsa guna mewujudkan masyarakat adil dan makmur yang diridhoi Allah SWT. Amien.
