Dalam menjalankan pemeriksaan pajak ada dua jenis pemeriksaan pajak antara lain adalah :
- Pemeriksaan Kantor
- Pemeriksaan yang dilakukan kantor pajak tempat wajib pajak terdaftar
- Pemeriksaan Lapangan
- Pemeriksaan yang dilakukan tempat wajib pajak maupun tempat kegiatan usaha/pekerjaan bebas meliputi tempat tinggal.
Alasan Pemeriksaan Pajak
- Pemeriksaan Pajak  dalam rangka menguji kepatuhan wajib pajak  meliputi : SPT Rugi, SPT Lebih Bayar, Likuidasi, Pemekaran usaha, pencabutan NPWP karena wajib pajak meninggalkan Indonesia, terlambat menyampaikan SPT Tahunan
- Pemeriksaan Pajak dalam rangka tujuan lain meliputi : pemberian Nomor Pokok Wajib Pajak (NPWP) ataupun Pengukuhan Pengusaha Kena Pajak (PKP) secara jabatan, Wajib pajak yang mengajukan penghapusan ataupun pencabutan Nomor Pokok Wajib Pajak (NPWP) maupun Pengukuhan Pengusaha Kena Pajak (PKP), mengajukan proses keberatan, Pemeriksaan pajak terkait Penghindaran Pajak Berganda (P3B)
Apabila kita berbicara mengenai pemeriksaan pajak, maka kita akan berbicara konsep keadilan dalam pandangan Plato. Teori keadilan menurut Plato adalah keadilan hanya ada didalam hukum dan perundang-undangan yang dibuat oleh para ahli yang khususnya memikirkan masalah keadilan. Keadilan menurut Plato berasal dari kata Yunani yaitu dikaiosune yang memiliki arti lebih luas yaitu mencakup tiga hal yaitu moralitas, individual dan social. Menurut pandangan Plato keadilan dapat dimaknai sebagai seseorang yang membatasi dirinya pada kerja dan tempat dalam hidupnya disesuaikan dengan
panggilan kecakapan atau yang biasa disebut dengan talenta dan kesanggupan ataupun kemampuan. Sehingga keadilan diproyeksikan kepada diri manusia, sehingga yang dikatakan adil adalah seseoranga yang mampu mengendalikan diri dan perasaannya yang dikendalkan oleh akal sehat. Menurut Plato metode untuk mewujudkan keadilan dengan mengembalikan masayarakat pada struktur yang aslinya. Menurut Plato keadilan dibagi menjadi 2 yaitu :
- Keadilan moral yaitu merupakan suatu perbuatan dapat dikatakan adil secara moral apabila telah mampu memberikan perlakuan yang seimbangan antara hak maupun kewajiban.
- Keadilan procedural yaitu  apabila seseoranga telah mampu melaksanakan perbuatan adil berdasarkan tata cara yang telah diterapkan
Kalau kita berbicara mengenai keadilan terkait pemeriksaan pajak. Maka yang kaya akan semakin kaya dapat melakukan tax avoidance sedangkan yang miskin tetap saja miskin. Orang kaya dalam menjalankan pemeriksaan pajak dapat mengunakan jasa konsultan pajak sedangkan bagi orang biasa pada umumnya yang pengetahuan tentang perpajakkannya.
Apabila kita melihat gambar diatas terkait alur sistem perpajakan. Pemeriksaan yang dilakukan oleh DJP akan  mengeluarkan produk hukum yaitu berupa surat ketetapan pajak, baik Surat Ketetapan Pajak Nihil (SKPN), Surat Ketetapan Pajak Kurang Bayar (SKPKB), Surat Ketetapan Pajak Kurang Bayar Tambahan (SKPKBT) maupun Surat Ketetapan Pajak Lebih Bayar (SKPLB). Ini semua merupakan produk hukum dari pemeriksaan pajak yang dilakukan oleh DJP.Â
Apabila Wajib Pajak setuju dengan hasil pembahasan akhir pemeriksaan pajak, maka Surat Ketetapan Kurang Bayar tersebut harus dibayarkan dalam jangka waktu satu bulan sejak Surat Ketetapan itu diterbitkan sedangkan apabila wajib pajak tidak setuju dalam pembahasan akhir pemeriksaan pajak, maka wajib pajak dapat melakukan upaya hukum lanjutan yaitu berupa proses keberatan yang akan diproses pada tingkat kanwil.
