Film garapan Hanung Bramantyo yang berjudul Perempuan Berkalung Sorban (2009) mendapat kecaman dari masyarakat karena dianggap mendiskreditkan tradisi Islam Konservatif yang masih didapati di banyak pesantren di Indonesia.
Kemudian film berjudul '?' atau Tanda Tanya (2011) yang dikecam beberapa ormas Islam di Indonesia karena berisi pesan pluralis.
dan juga beberapa film lainnya seperti Cinta Tapi Beda (2012) yang dinilai menyakiti warga etnis Minang dan menyangkut diskriminasi Ras dan Etnis.
Film Gending Sriwijaya (2013) yang batal tayang karena membiaskan cerita sejarah. Serta film Cinta Terlarang Batman dan Robin (2012) yang dianggap mendiskreditkan Islam dan melecehkan pesantren.
Keberanian Hanung Bramantyo dalam membahas isu-isu yang dianggap 'tabu' di Indonesia patut diacungi jempol.
Hal ini tercermin dalam film karyanya berjudul '?' atau Tanda Tanya (2011) yang mengandung cermin sosial.
Tokoh-tokoh dalam film ini diceritakan memiliki toleransi yang amat tinggi. Masyarakat diajak untuk berkaca terhadap intoleransi dan kekerasan berdasar SARA yang terjadi di Indonesia yang beragam ini.
Selain kerap membahas isu-isu tertentu, Hanung Bramantyo juga gemar menggarap film bertema sejarah.
Beberapa film sejarah yang sudah digarap Hanung adalah Kartini (2017), Soekarno: Indonesia Merdeka (2013), Sang Pencerah (2010), Sultan Agung: Tahta, Perjuangan, Cinta (2018).
