Permasalahan di lembaga pemasyarakatan (lapas) dan rumah tahanan negara (rutan) di seluruh indonesia adalah permasalahan sistemik  yang begitu kompleks, yang pertama, secara organisatoris lapas dan rutan tidak memiliki organisasi yang rapi, bagaimana bisa demikian? Ini bisa dilihat dari nomenklatur setiap unit pelaksana teknis yang ada.
Bagaimana pengambil kebijakan menentukan parameter klasifikasi lapas, rutan ataupun cabang rutan (yang saat ini sudah dihapus), ditambah beberapa nomenklatur baru yakni lembaga Pembinaan Khusus Anak (LPKA), LPP (Lembaga Pemasyarakatan Perempuan). Belum lagi ada balai pemasyarakatan (BAPAS) dan Rumah penyimpanana benda sitaan negara (RUPBASAN) yang efektifitas peranan dan kemanfaatannya dalam tataran praktis dan empiris masih dipertanyakan
Banyaknya kasus kerusuhan, peredaran narkotika, pelarian, pungutan liar dan kasus lainnya terjadi di dalam lembaga pemasyarakatan ataupun rutan kita agaknya terus berulang menghiasi media massa tanah air tanpa kita tau kapan akan terselesaikan
Barangkali para pimpinan di Direktorat Jenderal Pemasyarakatan di bawah Kementerian Hukum dan Hak Asasi Manusia juga kewalahan menghadapi banyaknya persoalan yang terjadi di jajarannya
Sebenarnya persoalan mendasar sebuah organisasi adalah sistem yang ada di dalamnya, apakah sistem sudah dibuat dengan baik dan kuat, berjalan dengan semestinya, dan diikuti dengan perbaikan yang mendasar apabila terdapat kekurangan saat diterapkan di lapangan
Sistem rekrutmen sumber daya manusia (SDM) sebesar apapun tanpa dibarengi adanya pendidikan, pembentukan dan pembinaan karakter, mental, dan fisik serta pengetahuan teknis yang memadahi dari petugas pemasyarakatan di tingkat bawah atau pelaksana tidak akan berdampak signifikan terhadap perbaikan lapas dan rutan kita, barangkali bahkan dapat memperparah keadaan yang telah terjadi berpuluh-puluh tahun ini, karena jika diibaratkan energi, adanya energi yang besar tanpa adanya kontrol dan pengelolaan yang tepat hanya akan menghancurkan apa yang ada di sekitarnya
Bisa kita lihat, setiap ada kejadian atau kasus di lapas dan rutan, para pimpinan sibuk mencari siapa pihak yang bersalah tanpa melakukan perbaikan berarti yang mendasar dan menyeluruh dan tanpa mempertimbangkan kesulitan yang dihadapi petugas pemasyarakatan dilapangan semisal dengan serta merta mencopot kepala dan pejabat struktural lembaga pemasyarakatan atau rutan yang di lapas dan rutannya terjadi masalah, padahal bisa jadi permasalahan itu terjadi sistemik karena sistem yang berjalan selama ini memang tidak atau belum mampu mengakomodir kepentingan dan bahkan menimbulkan permasalahan
Apakah jajaran Kementerian Hukum dan Hak Asasi Manusia Republik Indonesua yang menaungi Direktorat Jenderal Pemasyarakatan sudah mengevaluasi dan melakukan perbaikan? Mengapa Kemenkumham? Ini dikarenakan permasalahan yang terus berulang ini telah dan akan terus terjadi secara sistemik jika tidak ada perbaikan yang mendasar. Unit organisasi setingkat direktorat jenderal terbukti tidak mampu menangani berulangnya berbagai permasalahanyang terjadi.
Lalu apakah ada "pollitical will" dari pemerintah dalam hal ini Presiden beserta para pembantunya yakni Menteri Hukum dan Hak Asasi Manusia selaku penanggungjawab jalannya kementerian yang didalamnya terdapat Direktorat Jenderal Pemasyarakan dimana direktorat ini mempunyai kewenangan terbatas dalam hal penganggaran, pengelolaan sumber daya manusia aparaturnya, dan hanya mempunyai kewenangan pembuatan regulasi teknis terkait penyelenggaraan pemasyarakatan di tiap unit pelaksana teknis
Barangkali sudah saatnya dibentuk badan/lembaga atau entitas lainnya yang khusus menangani janannya sistem pemasyarakatan sebagai salah satu subsistem peradilan pidana terpadu di Indonesia ini, mengingat berpuluh tahun permasalahan yang sama telah berulang selama di bawah naungan Kementerian Hukum dan Hak Asasi Manusia Republik Indonesia
