Tetapi, program ini pada kenyataannya mempunyai beberapa tantangan yang harus dihadapi. Seperti jumlah dana yang tersedia untuk program Bidik Misi/KIP Kuliah masih terbatas, sehingga hal ini menyebabkan banyak siswa yang memenuhi syarat tidak mendapat hak mereka untuk menerima bantuan program Bidikmisi tersebut. Kemudian masih terdapat beberapa kasus penyaluran bantuan Bidikmisi/KIP yang tidak tepat sasaran yang menggunakan beasiswanya untuk mentraktir temannya, memenuhi gaya hidupnya yang mengarah ke gaya hidup hedonis dan lain sebagainya. Tentunya hal ini perlu untuk diperhatikan lagi lebih lanjut agar program ini dapat bermanfaat bagi mahasiswa yang membutuhkan. Lalu, tantangan berikutnya yaitu harus adanya  pemantauan dan evaluasi program Bidik Misi/KIP Kuliah yang perlu diperkuat agar program ini dapat berjalan secara efektif dan efisien.
Kesimpulannya ialah dengan terus meningkatkan kualitas dan juga efektivitas program beasiswa Bidikmisi/KIP Kuliah, diharapkan mampu unntuk membantu terciptanya Masyarakat yang Sejahtera dengan setiap orang punya kesempatan yang sama untuk mendapatkan pendidikan yang layak.
