Apa yang diharapkan dengan memaksimalkan sektor pariwisata di Papua jelas bertujuan untuk mendapatkan manfaat di bidang:
- Ekonomi. Bagi Papua, industri pariwisata akan menambah pendapatan asli daerah. Pariwisata juga akan membuka peluang pekerjaan bagi masyarakat Papua. Multiplier effects-nya, beberapa sektor lain seperti pertanian dan perdagangan yang menjadi penopang industri pariwisata juga akan ikut berkembang. Proyek manufaktur yang ditujukan untuk menunjang pariwisata juga akan memperluas kesempatan bekerja.
- Sosial dan budaya. Jika bidang ekonomi maju, maka diharapkan ada peningkatan kualitas hidup masyarakat. Masyarakat Papua bisa memiliki dana untuk bisa menyekolahkan anaknya ke tingkat yang lebih tinggi. Bahkan mampu mengirim anak-anak mereka bersekolah di perguruan tinggi di kota lain.
Kita boleh mempunyai segudang rencana bagi pengembangan pariwisata di Papua yang tujuan utamanya untuk lebih menyejahterakan masyarakat  Papua. Tetapi alangkah lebih bijaksana jika sebelum melangkah lebih jauh kita melihat efek negatif apa yang bisa ditimbulkan oleh industri pariwisata.
Pariwisata sering kali memberi dampak negatif terhadap lingkungan dan sosial budaya masyarakat setempat. Pemicunya utamanya adalah volume wisatawan yang datang lebih besar dari daya tampungnya. Hal ini sering dipicu oleh promosi besar-besaran demi mengejar keuntungan ekonomi semata.
Dari sisi sosial budaya, sentuhan budaya luar dan budaya asli bisa saja menimbulkan konflik. Karena modernisasi terkadang menggerusnya  nilai-nilai kearifan lokal jika masyarakat setempat tidak mendapat pendampingan dan pemahaman khusus.
Bahkan yang paling menyakitkan adalah ketika penduduk lokal harus dikorbankan seperti merelokasi mereka ke tempat baru karena pembangunan fasilitas wisata. Masyarakat bisa kehilangan tanah adat maupun warisan  leluhur karena dibeli pihak investor atau diambil alih secara sepihak.
Dampak negatif lain dunia pariwisata yang saat ini menjadi perhatian dunia adalah kerusakan lingkungan dan ekosistem. Pembangunan resort maupun sarana penunjang akomodasi wisatawan sering tidak terkontrol. Pembukaan hutan acapkali malah menimbulkan masalah baru karena hilangnya habitat flora dan fauna. Buruknya pengelolaan sampah dan limbah yang dihasilkan oleh wisatawan dapat merusak kualitas tanah dan air di lingkungan tersebut. Fatalnya kerusakan yang ditimbulkan kadang tidak bisa diperbaiki, misalnya kerusakan pada terumbu karang
Melihat kekayaan alam, kondisi geografis, dan sosial budaya Papua maka bentuk pariwisata yang paling tepat untuk dioptimalkan adalah ecotourism atau ekowisata. Sebagai catatan, ekowisata di sini tidak diartikan sebagai wisata alam biasa.
Ekowisata lebih menekankan pada perhatian yang penuh pada konservasi alam secara berkelanjutan (sustainable). Apalagi di Papua sendiri hampir semua obyek wisatanya berada di kawasan konservasi. Ekowisata sendiri cocok dengan kultur masyarakat asli Papua yang hidupnya tidak bisa dipisahkan dari alam. Disinilah nanti betapa pentingnya pembedayaan masyarakat asli Papua agar mampu menjadi subyek dari industri pariwisata Papua sembari menjaga kearifan lokal.
Satu hal yang positif dari ekowisata adalah wisatawan yang datang ke Papua nantinya ambil bagian dalam pelestarian lingkungan. Baik dari perilaku maupun pemberian donasi untuk dana perawatan dan pelestarian alam.
Dengan ekowisata, Papua akan menjadi tujuan yang berkelas. Papua tidak mencari kuantitas tetapi membutuhkan wisatawan yang tidak hanya datang untuk senang-senang. Tetapi wisatawan yang care terhadap Papua.
