Ketidakhadiran Soeharto mengakibatkan pasukan tak dikenal itu tidak menghalau. Mengutip supersemar: Sejarah dalam Balutan Kekuasaan karya Hendra Kurniawan yang dipublikasikan di Bernas Jogja, ketiga jenderal tersebut, yakni Basuki Rachmat, Amir Machmud, dan M. Jusuf berhasil berada di Istana Kepresidenan.
Mereka meyakinkan Soekarno untuk mengeluarkan perintah kepada Letnan Jenderal Soeharto untuk mengamankan situasi atau surat ini dikenal sebagai Supersemar. Surat tersebut kemudian ditandatangani, kemudian diterima oleh Letjen Soeharto.
Sejak saat itu, jalan politik Indonesia berubah. Alih-alih menempatkan hal-hal dalam rangka, Soeharto mengandalkan Supersemar untuk hal-hal lain.
Tidak butuh waktu 24 jam setelah penandatanganan surat, Soeharto membubarkan PKI (Partai Komunis Indonesia) dan menangkap 15 menteri. Soeharto juga diketahui menyingkirkan pendukung Soekarno dari lingkaran kekuasaan.
Soeharto perlahan membongkar kekuatan Soekarno. Hingga akhirnya ia berhasil menjadi Presiden Kedua Republik Indonesia dan berkuasa selama 32 tahun.
Hingga saat ini, Supersemar tersebut masih menjadi misteri dan kontroversi. Hal ini dikarenakan Supersemar asli belum ditemukan.
Isi surat yang tepat, apakah memerintahkan Soeharto untuk menjaga stabilitas atau perpindahan kekuasaan masih menjadi misteri. Yang pasti setelah Supersemar, politik Indonesia benar-benar berubah.
Tidak dapat dipungkiri bahwa setelah Supersemar, kepemimpinan Soekarno menurun dan Letnan Jenderal menjadi semakin populer. Pemerintah lebih dikendalikan oleh militer, yang sebelumnya warga sipil.
Pada 12 Maret 1967, Soeharto dilantik sebagai Presiden sementara Republik Indonesia. Pada 26 Maret 1968, Soeharto resmi dilantik sebagai Presiden Kedua Republik Indonesia, resmi menggantikan Soekarno.
Orde lama runtuh dan digantikan oleh orde baru. Dua tahun kemudian, pada 21 Juni 1970, Soekarno meninggal dunia. Sang Proklamator Indonesia meninggal di bawah tahanan rumah di Istana Bogor, kemudian dipindahkan ke Wisma Yaso di Jakarta.
