1. Kota Jayapura
2. Kota Sorong
Kedua kota ini memiliki kewenangan otonom dalam mengatur urusan pemerintahan di wilayahnya masing-masing. Namun, tingkat kewenangan otonom dan implementasi aturan dapat berbeda di setiap kota.
Di Kota Jayapura, terdapat beberapa kewenangan otonom yang dimiliki oleh pemerintah kota, antara lain:
1. Pengaturan tata ruang dan tata kota
2. Pembangunan infrastruktur lokal
3. Penyelenggaraan pemerintahan dan otonomi daerah
4. Pembuatan peraturan daerah
5. Pengelolaan lingkungan hidup
Pemerintah Kota Jayapura juga memiliki kewenangan untuk mengelola sumber daya alam dan pendapatan asli daerah, serta menyelenggarakan pelayanan masyarakat di wilayahnya. Namun, dalam pelaksanaan kewenangan otonom tersebut, pemerintah kota tetap harus mematuhi aturan dan regulasi yang ditetapkan oleh pemerintah provinsi dan pemerintah pusat.
Di Kota Sorong, terdapat beberapa kewenangan otonom yang dimiliki oleh pemerintah kota, antara lain:
1. Pengaturan tata ruang dan tata kota
2. Pembangunan infrastruktur lokal
3. Penyelenggaraan pemerintahan dan otonomi daerah
4. Pembuatan peraturan daerah
5. Pengelolaan lingkungan hidup
6. Pengelolaan sumber daya alam dan pendapatan asli daerah
7. Penyelenggaraan pelayanan kesehatan dan pendidikan dasar
8. Penyelenggaraan pelayanan sosial
9. Pengelolaan keuangan daerah
Pemerintah Kota Sorong juga memiliki wewenang untuk mengelola pendapatan daerah dan menyusun kebijakan serta peraturan daerah yang sesuai dengan kebutuhan dan karakteristik kota tersebut. Namun, tetap dalam batasan hukum yang ditetapkan oleh pemerintah provinsi dan pemerintah pusat.
