Abdurrahman bin Auf kemudian memanggil Ali bin abi Thalibn dan Utsman bin Affan. Beliau berkata kepada Ali, "Wahai Ali, aku telah berkeliling menghimpun pendapat berbagai kalangan, dan ternyata mereka lebih memilih Utsman. Aku berharap engkau menerima ketetapan ini."
Setelah berkata kepada Ali, dia berkata kepada Utsman: "Aku membaiatmu atas nama sunnah Allah dan Rasul-Nya, juga dua khalifah sesudahnya."
Setelah Abdurrahman berkata demikian kepada Utsman, Ali bin Abi Thalib berdiri dan menjabat tangan Utsman bin Affan. Ali menjadi orang kedua yang membaiat Utsman sebagai khalifah pengganti Umar. Saat itu juga semua kaum muslimin yang hadir serempak membaiat Utsman sebagai khalifah kaum muslimin.
Pengangkatan Utsman bin Affan diawali melalui proses musyawarah di majelis syuro yang dibentuk khalifah sebelumnya, Umar bin Khaththab.
Suksesi dari Utsman bin Affan ke Ali bin Abi Thalib
Di masa kekhalifahan Utsman bin Affan, mulai terjadi pemberontakkan. Hepi Andi Bastoni dalam bukunya '101 Sahabat Nabi' menulis sebagai berikut,
Enam tahun pertama masa pemerintahan Utsman bin Affan berjalan dengan damai, namun enam tahun berikutnya terjadi pemberontakan.Â
Sayangnya Utsman tidak dapat menindak tegas para pemberontak ini. Beliau selalu berusaha unruk membangun komunikasi yang berlandaskan kasih sayang dan kelapangan hati.Â
Tatkala para pemberontak memaksa beliau untuk melepaskan kursi kekhalifahan, beliau menolak dengan mengutip perkataan Rasulullah Saw, "Suatu saat nanti mungkin Allah Swt akan memakaikan baju padamu, wahai Utsman. Dan jika orang-orang menghendakimu untuk melepaskannya, jangan lepaskan hanya karena orang-orang itu."
Setelah terjadi pengepungan yang lama, akhirnya pemberontak berhasil memasuki rumah Utsman dan membunuh beliau. Utsman bin Affan syahid pada hari Jum'at, 17 Dzulhljjah 35 H setelah memerintah selama dua belas tahun, sejak tahun 644 M.
Sejak terbunuhnya khalifah Utsman bin Affan, ketegangan terus melanda kota Madinah. Banyak kelompok pemberontak yang berkeliaran di sana. Untuk menenangkan keadaan, para pemuda kemudian mendesak Ali bin Abi Thalib untuk segera menggantikan Utsman.Â