Sebelum pemerintah mengadakan perundingan damai pada Februari 2002, ada beberapa upaya perdamaian dari pemerintah yang tidak berhasil. Salah satunya yakni Gubernur Maluku membentuk satuan “Tim 6” yang terdiri dari masing- masing pemimpin agama, tugas mereka yakni menghentikan adanya kekerasan yang terjadi di Ambon dan mencegah terjadinya penghancuran symbol- symbol keagamaan seperti gereja dan masjid, juga mencegah terjadinya penghancuran rumah- rumah warga. Mereka dibentuk untuk berkomitmen dalam upaya perdamaian, tetapi sayangnya dalam hal ini justru sebaliknya, mereka diduga terlibat dalam kekerasan. Adanya bentukan “Tim 6” tadi tidak berpengaruh dalam upaya perdamaian. Alhasil perdamaian yang ditempuh dengan cara seperti ini pun gagal.
Sementara itu, bantuan yang diberikan pemerintah juga bermasalah. Tidak adanya dukungan dari militer dalam mendistribusikan bantuan, akhirnya persediaan makanan dan kebutuhan lainnya pun tidak dapat dibagikan. Di sisi lain, militer dalam hal ini tidak mendapatkan dukungan logistic yang cukup. Adanya pemisahan antara kelompok Kristen dan Muslim juga menjadi tantangan untuk pendistribusian bantuan. Dengan adanya hal ini, membuat pemerintah lebih terdorong untuk menanggapi kasus kekerasan yang berkembang di Maluku (Debora, 2011).
Sampai pada akhirnya pemerintah pusat pun memimpin proses perdamaian. Pada 11 Februari 2002 di pegunungan Malino Sulawesi Selatan terjadilah penandatanganan perjanjian damai Malino II, yang mana dalam hal ini ada dua tokoh negara pada saat itu ikut andil di dalamnya, beberapa tokoh negara tersebut yakni: Susilo Bambang Yudhoyono, Menteri Kordinator Urusan Politik, Hukum, serta Jusuf Kalla, Menteri Kordinator Kesejahteraan Rakyat. Atas perintah dari Jusuf Kalla, Gubernur Maluku memilih perwakilan dari masing- masing kelompok (Muslim dan Kristen), 35 dari komunitas Muslim, dan 34 dari komunitas Kristen, 69 orang tersebut lalu berkumpul di Malino selama tiga hari. Hingga pada akhirnya mereka melakukan penandatanganan perjanjian damai Malino II.
Namun, dalam hal ini harus diakui bahwa pasca penandatanganan perjanjian Malino II masih ada persoalan besar yang masih belum bisa dituntaskan. Terbukti dengan adanya kematian Saiman salah satu tukang ojek yang beragama Muslim. Dilansir dari (detiknews.com) dalam hal ini keterlibatan para apparat sebenarnya sudah ada di setiap ranting dalam konflik. Namun, yang dilakukan pemerintah pusat pada ssat itu dalam mengatasi konflik Ambon adalah Perjanjian Malino II, padahal yang sebenarnya hingga kini perjalanan Perjanjian Malino II justru ditinggalkan pemerintah. Di sini bisa dilihat bahwa peran negara dalam menangani konflik Ambon sangat minim. Oleh sebab itu, Ketika ada bentrokan Kembali, pendekatan pasca peperangan yang dilakukan pemerintah yakni dengan adanya penambahan pasukan Brimob dan TNI.
