"Saya ingin menyampaikan simpati terdalam kami dan rasa duka kami dari pemerintah dan masyarakat Republik Indonesia untuk pemerintah dan rakyat Jepang pada waktu menyedihkan ini."
Banyak pejabat-pejabat di Indonesia yang merasa kehilangan karena jasa-jasa Abe kepada Indonesia semasa beliau masih hidup. Tidak bisa dipungkiri ada sejumlah kerjasama Indonesia dengan Jepang semasa Shinzo Abe masih menjabat sebagai Perdana Menteri. Kerjasama tersebut dijalin kedua negara baik di bidang transportasi, ekonomi, infrastruktur dan bidang lain.
Berikut beberapa kerjasama bilateral Indonesia dengan Jepang di era Shinzo Abe:
1. Mass Rapid Transportantion (MRT)
Kerja sama ini juga melibatkan JICA dan beberapa perusahaan besar lainnya. MRT yang berada Jakarta ini merupakan proyek pertama di Indonesia yang menggunakan skema three sub level agreement antara Pemerintah Jepang, Pemerintah Pusat RI, Pemerintah Provinsi DKI Jakarta, dan PT. MRT Jakarta.
Proses pembangunan MRT terdiri dari empat fase yang terbagi menjadi 2A, 2B, 3, dan 4 yang mencapai total panjang jaringan MRT sepanjang 235 km. Presiden Jokowi meresmikan fase I MRT dengan Panjang 15,7 km dan dimulai dari selatan Jakarta di Lebak Bulus sampai Bundaran Hotel Indonesia (HI) yang terletak di Jakarta Pusat. Saat ini fase II MRT sepanjang 11,8 km sedang dalam proses pembangunan dan ditargetkan selesai Maret 2025.
2. Pelabuhan Patimban
Pelabuhan Patimban, Subang, Jawa Barat ini masih dalam proses pembangunan. Proses pembangunan pelabuhan ini terdapat tiga tahap dan sudah dimulai sejak tahun 2017 dan beroprasi paada 2019.
Dalam hal ini Jepang telah membantu biaya pembangunan khususnya untuk pembangunan penahan gelombang (breakwater), jalan akses pelabuhan serta pengerukan. Hingga saat ini pembangunan secara menyeluruh masih terus dilakukan untuk memperlancar konektivitas barang dan jasa yang dioprasikan di  laut.
3. Indonesia-Japan Economic Partnership Agreement (IJEPA)Â
Wakil Presiden Indonesia, K.H. Ma’ruf Amin, sebelum menghadiriRI prosesi pemakaman Shinzo Abe, menegaskan bahwa sejauh ini memang Jepang merupakan mitra kerja sama penting Indonesia khususnya di bidang ekonomi.