Adanya negara madura hanya berlangsung selama dua tahun. Terhitung sejak tahun 1948 hingga 1950. Hal itu tidak lepas dari sejarah negara Indonesia federasi.
Pasca perang dunia kedua, Inggris yang menjadi komando pertahanan Asia Tenggara tidak mengizinkan Belanda untuk mengusai seluruh nusantara. Secara defacto dan dejure, Inggris hanya mengakui adanya Republik Indonesia yang wilayahnya meliputi Aceh, Sumatera, dan Jogyakarta. Sementara untuk wilyah yang lain masuk dalam negara federasi Indonesia, diantaranya kalimantan timur.
Pada tahun 1946, Belanda mengadakan konferensi yang dinamakan malino di wilayah Sulawesi. Hal itu dilakukan untuk meneguhkan kekuasaan di wilayah nusantara. Di samping itu, Belanda memiliki tujuan lain, yakni untuk mencari dukungan adanya proposal pembentukan Negara Indoensia Serikat.
Akhirnya, di tahun yang sama yakni 1946, peserta konferensi menyepakati melino negara Indonesia serikat yang meliputi tiga wilayah. Republik Indonesia, Negara Indonesia Serikat dan Indonesia timur.
Pada tahun berikutnya, 1947 usaha Belanda untuk memperkuat Indonesia Serikat semakin gencar. Melalui Gubernur-Gubernur pemerintah Belanda. Termasuk Gubernur Belanda Jawa Timur Van Der Plas. Pada saat itu Van Der Plas merupakan tangan kanan dari Gubernur Jedreal Belanda Van Der Mook.
Van Der Plas merupakan tokoh yang memotori terbentuknya Negara Madura. Berpisah dari Negara Jawa Timur yang menjadi bagian Indonesia Serikat. Pada Bulan Januari tahun 1948 dilaksanakan referendum untuk menentukan apakah masyarakat madura setuju dengan pembentukan negara madura atau tidak.
Pada tingkat pemerintah sendiri, Presiden Madura juga pro Belanda, termasuk para ulama. Melalui mereka Belanda melakukan tekanan-tekanan sehingga 90 persen referendum masyarakat menyatakan setuju dengan pembentukan negara Madura. Sehingga pada 23 Januari dinyatakan sebagai hari terbentuknya Negara Madura.
Setelah itu, hasilnya diajukan ke pemerintah Belanda. Pada 19 Februari 1948 dinyatakan secara resmi terbentuk negara Madura oleh pemerintah belanda. Pasca ditetapkan, terjadi gejolak dan pemberontakan. Yang awalnya tidak mampu melawan tekanan Belanda akhirnya bisa mengkonsolidasi diri. Yakni melakukan perlawanan sehingga terjadi peperangan saudara antara yang pro negara madura dan yang kontra.
Hal itu bersamaan dengan protes dan pernyatan ketidaksetujuan terhadap Indonesia serikat di beberapa wilayah. Beberapa derah menuntut untuk pembubaran negara Indonesia Serikat. Termasuk juga negara yang ada di persemakmuran atau federasi yang ada di negara Indonesia serikat.
Pada 1950 Indonesia Serikat dibubarkan. Termasuk negara madura. Hal itu ditandai dengan terbentuknya undang-undang dasar sementara (UUDS) 50.
