Pada 1980 giliran klan Isaak di Barat Laut Somalia bangkit melawan. Klan ini mendirikan the Somali National Movement (SNM). Barre juga membalasnya dengan pembantaian besar-besaran pada 1988 dan terus berlanjut hingga 1990-an.
Pada 1989, klan Hawiye di wilayah Tengah Somali angkat senjata, membentuk The United Somali Congress (USC). Pada tahun yang sama, Somali Salvation Democratic Front (SSDF) yang didirikan klan Majeerteen kembali bangkit di Somalia Timur Laut. Setahun kemudian, warga klan Ogaden di wilayah Selatan menyusul dengan membentuk the Somali Patriotic Movement (SPM).
Kekalahan Barre bukan akhir petaka. Bencana lebih hebat sudah menanti.
USC terpecah antara cabang luar negeri yang mendeklarasikan Ali Mahdi Mohamed sebagai presiden dengan cabang dalam negeri yang memilih Jenderal Mohamed Farah Aydeed. Bukan sekedar perselisihan internal organisasi, perbedaan ini berkobar menjadi perang saudara berkepanjangan.
Sebagaimana Barre, kini USC dan SNF, dan organisasi politik klan lainnya bertindak membantai rakyat sipil (anggota klan rival politik) dalam perang memperebutkan kekuasaan. Pada masa ini klan Daarood --Barre merupakan anggotanya-- menjadi sasaran utama pengusiran dan pembunuhan. Tetapi anggota klan lain juga menjadi korban oleh pertarungan antara organisasi-organisasi politik berbasis klan yang memiliki barisan paramiliter itu.
Konflik berkepanjangan berujung pada kelaparan hebat yang melanda Somalia sejak 1992. Menurut Palang Merah Internasional (ICRC), jumlah korban meninggal oleh kelaparan --tidak termasuk pembunuhan-- sekurang-kurangnya 500 ribu.
Bencana kelaparan mendorong komunitas internasional mengirimkan bantuan kemanusiaan. Karena bantuan ini sering dirampok oleh milisi berbagai klan, Amerika Serikat bersama PBB memobilisasi angkatan perang untuk mengawalnya.
Salah satu kontak senjata hebat antara pasukan AS dan milisi Somalia dikenal sebagai Black Hawk Down Incident dan diangkat ke film layar lebar pada 2001.
Ketika pasukan AS-PBB (UNOSOM) akhirnya angkat kaki dari Somalia pada Februari 1995, mereka meninggalkan dendam di hati warga Somalia, juga sejumlah peralatan militer canggih yang dijual kepada milisi. Rakyat biasa di Somalia, para milisi dari klan-klan yang ada, termasuk nelayan kini memiliki senjata yang lebih hebat, warisan UNOSOM.
Meski setelah kejatuhan Barre ada 6 presiden dan 3 pejabat presiden Somalia, perang saudara berkepanjangan praktis membuat pemerintahan tidak berjalan. Somalia menjadi negara gagal. Pada periode ini, banyak negara memanfaatkan teritori laut Somalia secara ilegal, termasuk termasuk mencuri ikan.