Setelah itu kita harus memilih salah satu jenis manisan sebagai tambahannya seperti gula jawa,aren atau molases. Jangan menggunakan gula pasir atau gula putih karena sudah melalui proses kristalisasi. Jadi gula yang kita pakai adalah gula yang tidak diproses dengan bahan kimia. Kami biasanya menggunakan gula aren.
Dan yang ketiga adalah penggunaan air. Baiknya kita menggunakan air sumur atau air hujan untuk merendam kulit buah dan sisa potongan sayur. Tidak dianjurkan untuk menggunakan air pam karena mengandung kaporit.Wadah yang digunakan untuk proses pembuatan eco enzym adalah bahan yang terbuat dari plastik.Â
Berikut langkah-langkah pembuatannya :
1. Menyiapkan bahan organik seperti kulit buah, sayur, kemudian gula dan air
2.Perbandingan yang digunakan ialah 1;3;10 (1 kg kulit buah, gula 3 kg, air 10 liter)
3. Setelah itu masukkan semua bahan ke dalam wadah, aduk rata agar semua sampah tenggelam  dan dapat terfermentasikan dengan baik.
4. Bulan pertama larutan fermentasi akan mengeluarkan gas, bulan kedua akan mengeluarkan asam. Dan pada bulan ketiga akan menghasilkan enzym.
5. Wadah yang sudah berisi larutan simpan di tempat yang sejuk,tidak kena sinar matahari dan juga hujan dan biarkan selama tiga bulan. Tidak diperkenankan untuk menambah bahan secara berkala.
6. Tutup wadah dengan rapat jangan sampai ada lobang angin. Sejauh mungkin pastikan laritan yang anda buat tidak dimasuki lalat ataupun serangga lainnya.
Setelah 3 bulan seperti apa kira-kira hasil eco enzym? Hasil eco enzym berupa cairan berwarna coklat dengan aroma asam yang segar. Warna eco enzym bervaiasi ada coklat muda, coklat tua bahkan gelap.Â
Hal ini dipengaruhi oleh  jenis sisa buah atau sayuran yang digunakan. Eco enzym  yang baik ciri-cirinya adalah memiliki ph atau tingkat keasaman dibawah 4,0 dan beraroma asam segar sebagaikhas fermentasi.
