Maju lebih jauh ke akhir rezim orde baru tepatnya ketika masa awal reformasi, terdapat sebuah pernayataan yang dapat membuka peluang mendirikan partai politik bagi siapa saja yang berminat. Ketua umum PP Muhammadiyah kala itu, Amien Rais menyatakan bahwa ia tertarik untuk mendirikan partai. Menurut Amien Rais dan beberapa pendukungnya, mendirikan partai politik adalah langkah yang strategis pada masa itu. Namun terdapat juga pihak yang kontra karena dianggapnya bisa melupakan misi awal Muhammdiyah dalam menjalankan pembaharuan agama Islam.
Setelah melaui banyak kontroversi, Amien Rais kemudian diperbolehkan mendirikan partai asal ia harus mundur dari jabatannya sebagai ketua umum PP Muhammadiyah. Lalu berdirilah Partai Amanat Nasional (PAN) pada 23 Agustus 1998.
Sejatinya Muhammadiyah tetap berada di jalur tengah dalam berpolitik di tanah air. Meski kerap disebut berasosiasi dengan PAN, Muhammadiyah kembali mengingatkan pengamat politik atas hasil kesepakatan kongres ke-38 di Makassar yang menyatakan bahwa Muhammadiyah tidak berafiliasi dengan partai politik manapun. Hasil kongres ini juga dijadikan dalil oleh Muhammadiyah dalam bersikap netral terhadap perkembangan politik di Indonesia.[]
