Nilai guna (use value) dibagi menjadi nilai guna langsung (direct use value), nilai guna tak langsung (indirect use value) dan nilai pilihan (option value). Nilai guna langsung merupakan nilai sumber daya alam yang diperoleh secara langsung dari ekosistem karst. Nilai guna langsung yang pertama adalah habitat dari flora dan fauna endemik. Apabila karst tidak di kelola denga konsep yang benar tentu saja flora dan fauna tersebut akan hanya menjadi sebuah dongeng di masa akan datang.
Selain itu mata air yang bersumber dari karst juga menjadi harapan pemenuhan air tawar bagi nelayan di wilayah pesisir laut Biduk biduk. Dapat dibayangkan apabila ekositem karst rusak dan mempengaruhi kualitas dan kuantitas dari mata air tersebut, tentu akan menjadi sebuah permasalahan besar bagi masyarakat pesisir Biduk biduk.
Karst juga menyimpan sumber cadangan air lewat sungai bawah tanahnya yang menjamin ketersediaan pasokan air apabila musim kemarau tiba. Selanjutnya karst juga memiliki nilai guna tidak langsung sebagai penyerap karbondioksida di dunia.
Menurut pusat studi karst UGM setiap tahunnya karst mangkalihat dapat  menyerap 4486,72 kiloton karbon inorganik  pertahunnya dan mampu menyerap 82,84 kiloton karbon organik pertahunnya. Jika melihat perhitungan jasa lingkungan (Nilai Karbon) karst berpotensi menghasilkan Rp. 39,960,837,565 pertahunnya.
Selanjutnya nilai penggunaan pilihan atau option value dimana nilai ini mengacu kepada penggunaan lainnya dari karst. Kawasan karst bisa di kelola menjadi destinasi wisata yang menyajikan keunikan geografis yang dimiliki.
Keunikan geografis tentunya menjadi daya tarik tersendiri, baik bagian eksokarst maupun endokarst. Eksokarst sendiri memiliki keunikan yang dapat dikelola seperti telaganya yang jernih untuk wisata pemandian alam, mata airnya dekeloala untuk kepentingan pemenuhan kebutuhan air tawar masyarakat di sekitar karst dan lain sebagainya.
Dari bagian endokrst atau bagian dalam karst sendiri gua-gua bisa diajdikan sebagai destinasi wisata prasejarah dengan keunikan lukisan-lukisan candas serta barang-barang kuno, speleothemnya yang unik juga bisa menjadi salah satu tujuan dari destinasi wisata karst ini.
Nilai Non-Guna/Intrinsik (Non-Use Value)
Nilai non-guna dibagi menjadi nilai keberadaan (existence value), nilai warisan (bequest value). Nilai keberadaan dari karst jelas sebagai sebagai penyeimbang ekosistem alam.
Disisi lain keberadaan dari karst juga dapat menjadi media untuk pengembangan ilmu pengetahun, karena karakteristik serta keunikan yang ada di karst magkalihat ini  tidak ditemukan di semua karst yang ada.
Keunikan dari karst tersebut harus terus dijaga dan menjadi tanggung jawab bersama baik pemangku kewenangan, LSM, akademisi serta masyarakat. Selain itu pemerintah harus terus berusaha agar karst magkalihat diakui  menjadi salah satu warisan dunia oleh UNESCO.
