Selain berdampak menguntungkan ada juga dampak merugikan yaitu jalan panjang yang membelah pulau jawa juga memangkas luas pertanian dan memotong alur sungai, mengubah alur distribusi dan saluran irigasi, secara tidak langsung juga mengurangi luas lahan pertanian.Â
selain itu ada dampak dari lingkungan sekitar seperti lokasi deket pintu keluar -- masuk jalan tol akan berkembang sebagai kawasan perdagangan, perbankan, bisnis dan sebagainya.Â
Selain itu ada juga dampak sosial seperti dibuatnya jalan arteri untuk penduduk yang tinggal di sekitar jalan tol, sehingga harga tanah menjadi tinggi dan mempunyai peluang ekonomi dan usaha dan lingkungan di sekitar masyarakat, sementara dampak kerugiannya masyarakat yang tinggal di sekitar jalan tol tidak dapat melakukan penjualan barang dan jasa, dikarenakan ada larangan jualan di sepanjang jalan tol kecuali penjualan di rest area yang khusus disediakan oleh perusahaan jalan tol.Â
Ada juga dampak resapan air, yang semakin berkurang resapan air di sekitar jalan tol, dan dampak tersebut ditanggung masyarakat sekitar merekan akan menerima aliran air hujan pada saat musim hujan setiap tahunnya dikarenakan tidak ada langkah -- langkah pengendalian air.