Seiring perkembangan waktu, dan banyaknya pemeriksaan yang dilakukan otoritas pajak dalam hal ini Direktorat Jenderal Pajak (DJP) , semakin banyak pula pengajuan keberatan akibat tidak terjadinya kesamaan pendapat pada saat pemeriksaan antara Wajib Pajak (WP) dengan Pemeriksa Pajak.
Sesuai dengan Pasal 25 UU KUP, WP yang tidak setuju dengan hasil pemeriksaan pajak, dalam waktu 3 bulan sejak diterimanya Surat Ketetapan Pajak (SKP) dapat mengajukan keberatan atas hasil SKP tersebut kepada Kantor Wilayah DJP (Kanwil) dimana WP tersebut terdaftar. WP tidak perlu membayar jumlah yang tidak disetujui dalam Berita Acara Hasil Pemeriksaan (BAHP) yang dituangkan dalam SKP tersebut.
DJP, melalui Kanwil, wajib menyelesaikan permohonan keberatan WP 1 tahun sejak permohonan diterima lengkap, dan atas hasil penelitian keberatan, berupa Surat Keputusan Keberatan (SKK), apabila WP masih tidak menyetujui dapat diajukan Banding ke Pengadilan Pajak dalam waktu 3 bulan sejak SKK diterima.Pengadilan Pajak, wajib menyelesaikan permohonan banding WP, 1 tahun sejak permohonan banding diterima.
Mahkamah Agung, melalui Putusan Nomor 73 P/HUM/2013 tentang Uji Materiil Terhadap Pasal-Pasal dalam Peraturan Pemerintah Nomor 74 Tahun 2011 Tentang Tata Cara Pelaksanaan Hak dan Pemenuhan Kewajiban Perpajakan yang diputus pada tanggal 30 Juni 2014 dan dikirimkan kepada para pihak pada tanggal 1 Juli 2015 yang menyatakan mengabulkan permohonan keberatan hak uji materiil dari Pemohon Kamar Dagang dan Industri Indonesia dan Surat Edaran Dirjen Pajak Nomor : SE -74/PJ/2015 tentang Pelaksanaan Putusan Mahkamah Agung Republik Indonesia Nomor 73 P/HUM/2013 Tentang Uji Materiil Terhadap Pasal – Pasal Dalam Peraturan Pemerintah Nomor 74 Tahun 2011 Tentang Tata Cara Pelaksanaan Hak Dan Pemenuhan Kewajiban Perpajakan, salah satunya adalah menganulir Pasal 37 PP 74 Tahun 2011, dimana dalam pasal 37 disebutkan bahwa yang pada intinya menyatakan bahwa keputusan yang berkaitan dengan pelaksanaan keputusan perpajakan yang diajukan gugatan kepada badan peradilan pajak sebagaimana dimaksud dalam Pasal 23 ayat (2) huruf c Undang-Undang meliputi keputusan yang diterbitkan oleh Direktur Jenderal Pajak selain:
Â
1) Surat ketetapan pajak yang penerbitannya telah sesuai dengan prosedur atau tata cara penerbitan;
2) Surat Keputusan Pembetulan;
3) Surat Keputusan Keberatan yang penerbitannya telah sesuai dengan prosedur atau tata cara penerbitan;
4) Surat Keputusan Pengurangan Sanksi Administrasi;
5) Surat Keputusan Penghapusan Sanksi Administrasi;
6) Surat Keputusan Pengurangan Ketetapan Pajak;
7) Surat Keputusan Pembatalan Ketetapan Pajak; dan
8) Surat Keputusan Pengembalian Pendahuluan Kelebihan Pajak, telah diajukan uji materiil dan dinyatakan tidak sah serta tidak berlaku umum dalam Putusan MA.
Dengan putusan tersebut, atas SKP, yang penerbitannya telah sesuai dengan prosedur atau tata cara penerbitan yang sebelumya tidak dapat diajukan Gugatan Pajak, saat ini dapat langsung diajukan Gugatan ke Pengadilan Pajak tanpa melalui Proses Keberatan.
 Apabila kita berhitung waktu maka dapat dilihat sebagai berikut :
[caption caption="keberatan"][/caption]
Penjelasan Ilustrasi 1:
1. Atas SKP yang diterima WP, paling lambat 3 bulan harus diajukan permohonan keberatan, dimana dengan pengajuan ini, jumlah pajak yang tidak disetujui dalam SKP belum menjadi hutang pajak, sehingga fungsi penagihan aktif belum berjalan;
2. Paling lambat, 1 tahun sejak permohonan diterima lengkap, DJP wajib mengeluarkan SK Keberatan, apakah menyetujui seluruhnya, sebagian atau menolak permohonan WP. Apabila terdapat pajak yang masih harus dibayar dan WP menyetujui atau menolak tetapi tidak mengajukan banding, maka fungsi penagihan aktif berjalan, dan WP dikenakan tambahan sanksi 50%;
3. Apabila WP mengajukan Banding, yang paling lambat permohonan dikirimkan ke Pengadilan Pajak, 3 bulan sejak SK Keberatan diterima, maka fungsi penagihan aktif belum berjalan
