Di dalam ruangan ini juga disimpan berbagai benda bersejarah seperti buku catatan perkawinan dan juga catatan pembaptisan. Yang menarik pada buku catatan pembaptisan pada tahun 1812 ada nama yang cukup terkenal yaitu Sir Stamford Raffles yang menjadi Bapak Baptis untuk seorang anak.  Sebagaimana diketahui bahwa, Inggris sempat mengusai Hindia Belanda pada era dekade kedua abad ke XIX itu. Di sini  juga dipamerkan berbagai lampu yang pernah dipakai di gereja katedral dari masa sebelum adanya listrik.Â
Di sebelah zone koleksi katedral ini juga terdapat sebuah teater mini yang tampak modern dan kedap suara dengan kapasitas 40 orang penonton.
Jalan-jalan di museum katedral dilanjutkan ke lantai dua yang dulunya merupakan sebagai tempat tinggal para pastor. Â Pertama-tama kami masuk ke Zone Pustaka dimana disimpan berbagai benda yang terkait dengan buku dan manuskrip bersejarah. Salah satunya adalah buku nyanyian berbahasa Latin.
Yang tidak kalah menarik adalah ruangan selanjutnya yang disebut dengan Ruangan Kunjungan. Di ruangan ini kita dapat menyaksikan benda-benda yang berkenaan dengan kunjungan dua orang Paus atau Bapak Suci yang pernah mampir ke Gereja Katedral, yaitu Paus Paulus ke VI pada 1970 dan Paus Yohanes Paulus II pada 1989.
Dipamerkan hadiah yang diberikan Paus Paulus ke VI yaitu sebuah tongkat gembala dengan patung Yesus di atasnya dan juga sebuah penutup kepala yang disebut Mitra. Â Sedangkan hadiah dari Paus Yohanes Paulus II adalah piala dan juga patena (jubah). Â Karena status Paus yang sekarang sudah diangkat menjadi Santo maka benda peninggalan beliau kini berstatus sebagai relikui. Â Namun yang menarik adalah dipamerkannya sebuah Surat Kaleng yang berprangko bergambar Presiden Suharto. Surat Kaleng ini berisi ancaman atas keselamatan Paus Yohanes Paulus II jika berani datang ke Indonesia. Syukurnya surat kaleng itu sendiri hanya hoaks belaka.
Berbicara mengenai Relikui. Dijelaskan juga di Zona Kemartiran dimana dipamerkan beberapa relikui  tingkat pertama yang berupa serpihan tulang dari salah seorang santo.  Oh yah kalau relikui berupa benda-benda orang suci atau santo seperti jubah atau topi paus di atas termasuk dalam relikui tingkat II.
Sebenarnya masih ada beberapa zona yang tidak sempat kita jelajahi lebih rinci seperti zone liturgi yang menyimpan benda-benda yang dipakai untuk liturgi gereja. Juga ada zona abad 17-19 yang menyimpan benda0benda peninggalan yang sudah beusia ratusan tahun. Salah satunya adalah sebuah monstran atau wadah untuk memajang benda-benda suci termasuk relikui yang sudah berusia lebih 300 tahun.
Namun ada satu lagi koleksi museum Katedral yang cukup menggugah Nurani, yaitu sebuah lukisan yang dibuat di gedebok pisang hasil karya penjahat legendaris yaitu Kusni Kasdut. Konon pada saat -saat menjelang akhir hayatnya, Kusni Kasdut memeluk agama Katolik dan mendapatkan nama  baptis Ignatius. Sebelum dia dieksekusi pada 1980, dia sempat melukis gambar Gereja Katedral dan kemudian lukisan ini disimpan di dalam museum ini.
Wah sayang, masih banyak lagi bagian museum yang belum sempat dijelajah, karena rombongan kami harus melanjutkan anjangsana ke dalam bangunan gereja Katedral yang memiliki nama asli Gereja Santa Maria Diangkat ke Surga.