Saat Dinasti bani Fathimyyah runtuh dan digantikan oleh Ayyubiyyah, Universitas Al-Azhar sempat ditutup selama hampir 100 tahun untuk membersihkan paham Syiah, dan juga agar Al-Azhar berpegang ke Ahlu Sunnah wal-Jamaah yang sesuai dengan tuntunan Nabi Muhamma SAW.
Selanjutnya Universitas semakin berkembang pesat dengan paham sunni yang diterima oleh seluruh dunia, sehingga banyak ulama-ulama dari penjuru dunia yang datang untuk mengajar ataupun memperdalam ilmu dengan ulama-ulama Mesir.
Al-Azhar masih menggunakan system pendidikan Talaqqi (seperti majlis keilmuan di Masjid) tanpa menggunakan ruang kelas ataupun tingkatan seperti S1, Magister atau Doktoral.
Uniknya, Pembaharuan Sistem Al-Azhar dilakukanpada awal abad 19 oleh Muhammad Abduh yang juga dikenal sebagai tokoh pembaharu Mesir. Sejak saat itulah universitas ini mulai menggunakan ruangan kelas, pemberian Ijazah dan Gelar serta memiliki sistem Administrasi seperti yang kita rasakan hari ini.
Penggunaan ruang kelas dan lokasi kampus yang baru dimaksudkan agar Al-Azhar bisa menampung lebih banyak mahasiswa.
Selain itu pembaharuan ini dilakukan agar Al-Azhar diterima dan diakui oleh publik internasional sebagai lembaga pendidikan yang kredibel dan dipercaya.
Kampus tua ini sekarang telah memiliki ratusan ribu mahasiswa Asing, hal ini merupakan bukti bahwa Azhar menjadi pusat keilmuan islam yang moderat dan diakui oleh seluruh dunia.
Banyak tokoh-tokoh Indonesia lulusan Al- Azhar diantaranya Dr. Qurays Shihab, Ustad Abdul Somad, Hanan At-Taki dan TGB Zainul Majdi (ex-Gubernur Lombok) dan masih banyak lagi tokoh Indonesia lulusan Al-Azhar.
Di beberapa Negara banyak alumni AL-Azhar yang menjadi pemimpin, bahkan ada salah satu Negara di afrika yang dipimpin oleh presiden yang alumni Al-Azhar.
Tahukah kamu bahwa Universitas Al-Azhar ternyata memiliki system perkuliahan yang sangat unik dan berbeda dengan Indonesia ataupun Negara lain secara umum? Saya sendiri pun awalnya juga terheran-heran dengan gaya pembelajaran yang jauh berbeda dengan apa yang dibayangkan sebelumnya.