Hasil survey yang dikeluarkan oleh Center of Strategic and International Studies(CSIS)menyebutkan ,bahwa toleransi beragama orang Indonesia itu terlalu rendah.Menurut Philips Vermante yang Kepala Departemen Politik dan Hubungan Internasional CSIS mengatakan,bahwa" masyarakat Indonesia menerima fakta bahwa mereka hidup ditengah keberagaman ,tetapi mereka ragu-ragu menoleransi keberagaman".
Philips Vermente menyimpulkan seperti itu  berdasarkan hasil penelitiannya di 23 propinsi di Indonesia yang dilakukan CSIS pada bulan januari 2012 dari 2.213 orang responden.Hasilnya menunjukkan,bahwa 59,5 persen orang Indonesia tidak keberatan bertetangga dengan orang-orang yang beragama lainnya dan 33..7 persen menjawab sebaliknya .Akan tetapi 68,2 persen respondennya menjawab keberataan bagi pendirian tempat ibadah agama lainnya.
Sementara itu 22.1 persen responden membolehkan keberadaan tempat ibadah agama lain di sekitar mereka .Jika ditinjau dari segi jenjang pendidikan responden itu,maka menurut survei CSIC tersebut menyebutkan 38,1 persennya merupakan responden yang berpendidikan sekolah  menengah atas dan  perguruan tinggi.Berdasarkan hasil survey tersebut,Philips Vermnente menyimpulkan bahwa toleransi orang Indonesia kini rendah.
Sebenarnya tidaklah hitam putih sedemikian rupa,meskipun akhir-akhir ini kerapkali terjadi aksi-aksi dan kekerasan antara kelompok sosial yang berlabel agama .Indonesia telah mengatur sedemikian rupa dalam tata cara bertoleransi seperti tercantum dalam UUD 1945(Pasal 29)yang dijadikan rujukan oleh aturan bersama tiga menteri,untuk mengatur tata cara dalam toleransi beragama,baik antara umat beragama maupun antar umat seagama itu.
Dalam aturan tersebut sudah diatur sedemikian rupa.diantaranya pendirian tempat ibadah sesuatu agam dibolehkan sekiranya linggkungan masyarakat sekitarnya menyetujuinya.Hal ini dimaksudkan supaya tempat ibadah sesuatu agama itu didirikan dilingkungan masyarakat pemeluk agam bersangkutan,seperti Mesjid didirikan didaerah yang banyak populasinya muslim,serta mereka mengijinkannya.Karena untuk apa tempat ibadah itu jika pemeluknya tidak ada.
Selnjutnya bagi penyiaran sesuatu agama juga diatur sedemikian rupa supaya tidak terjadi benturan-benturan dengan pemeluk agama lainnya.Karenanya pemerintah mengaturnya dengan melarang proses penyiaran sesuatu agama kepada masyarakat yang sudah beragama,tidak lain adalah untuk menghindari terjadinya benturan tersebut.
Negara kesatuan Republik Indonesia hanya mengakui beberapa agama saja,seperti Islam,Katholik, Hindu, Budha,Protestan,Konghu Chu ,karena selain itu tentunya aturan negara melarangnya.Dalam konteks inilah sehingga terjadi benturan dengan Ahmadiyah,Syiah yang menempelkan namanya dengan nama Islam meskipun ajarannya berbeda dengan Islam yang sesungguhnya.Padahal sekiranya mereka membuat nama lainnya,selain nama-nama agama yang sudah ada dan diakui di Indonesia rasanya juga benturan-benturan semacam itu bisa diredam dengan baik.
Oleh sebab itu Indonesia menjamin kebebasan beragama yang  sejak lama diatur oleh UUD 1945 ,karena diharapkan bagi setiap pemeluk agama tersebut selalu tunduk dan patuh kepada aturan SKB tiga menteri yang mengatur supaya toleransi dalam bergama dan berbagai hal lainnya tetap berjalan sesuai dengan aturan yang ada di Indonesia .Bukannya direkayasa,menyiarkan agama kepada masyarakat yang sudah beragama,seperti yag terjadi di Aceh sehingga mereka ditangkap disana.Semua orang sudah sejak lama mengetahuinya,bahwa masyarakat  Aceh sejak abad ke tujuh Masehi sudah muslim,jauh sebelum Islam ada di wilayah Indonesia.Karenanya meskipun di Aceh masih tetap dipelihara tempat-tempat ibadah agama lain,tidak berati di bolehkan untuk menyiarkan agamaanya kepada masyarakat Aceh yang memang muslim tersebut.
