Bagi pecinta wisata religi, bila sedang berkunjung ke Jogya tentu tidak akan melewatkan mengunjungi masjid gedhe. Ada dua masjid gedhe yang sama-sama keramatnya, yang satu terletak di Alun-alun Utara kraton Kesultanan Yogyakarta, yang dikenal sebagai masjid gedhe Kauman. Yang kedua terletak di Kotagede satu kawasan dengan makam raja-raja Mataram, yaitu masjid gedhe Mataram.
1. Masjid Gedhe Kauman
Masjid ini berdiri tahun 1755 dibangun 18 tahun  setelah terjadinya perjanjian Giyanti. Jadi masjid ini sudah sangat tua. Arsitektur masjid sangat dipengaruhi kraton Jogya, menggunakan sistem atap tumpang tiga yang menyimbolkan kesempurnaan hidup manusia secara Islam, yaitu Syariat, Makrifat dan Hakekat. Letaknyapun berada didekat kraton Yogyakarta. Disebut masjid gedhe Kauman, karena terlatak di Kampung Kauman.
Namun akibat gempa bumi, masjid ini sempat mengalami perbaikan dari aslinya yang lantainya memakai batu kali sudah diganti dengan marmer.
Keunikan masjid ini dindingnya menggunakan batu kali putih yang tidak direkatkan dengan semen. Menggunakan kayu jati asli sebagai penopang bangunan masjid.
Karena masjid ini juga digunakan oleh Sultan untuk sholat, maka dilengkapi dengan maksura dengan tombaknya untuk pengamanan. Juga terdapat mimbar berbentuk singgasana dari kayu jati dengan ukiran Indah.
Masjid ini juga untuk menyimpan gamelan yang dimainkan saat perayaan Sekaten, juga berfungsi sebagai tempat prajurit kraton berjaga di sepanjang gapura.
Pada bulan Ramadan sering menjadi tempat berbuka puasa bersama yang membagikan takjil, bahkan tiap hari Kamis menyajikan gule kambing.
2. Masjid Gedhe Mataram
Juga termasuk masjid tua di Jogya, letaknya di dekat pasar Kotagede. Memiliki gapura yang berbeda dengan masjid pada umumnya, karena berbentuk seperti Candi Hindu-Buddha.