Dalam keadaan posisi yang parah itu maka pihak pihak musuh mencari siasat dan jalan keluar berupa mengincar letak pusat penyimpanan gudang senjata Palembang. Akibat diketahuinya posisi dari gudang-gudang senjata itu, maka serangan dipusatkan kesana dan dengan susah payah akhirnya diledakkanlah oleh VOC gudang2 tersebut yang merupakan pusat penyimpanan senjata di Benteng Tambak Bayo.
Akibatnya maka posisi pertempuran beberapa kali berubah-ubah dan akhirnya dikarenakan gudang-gudang senjata Palembang terbakar, maka Palembang harus bertempur dengn senjata tajam, seperti keris; pedang, panah, tombak nibung, yaitu semacam tombak bambu runcing yang berbisa sekali.
Setelah memakan waktu 2 hari , yaitu tanggal 12 dan 13 November 1659, akibat diledakkannya Gudang Senjata yang ada di Benteng-benteng diatas dan memasukkan seluruh meriam dan amunisi yang berhasil mereka jarah dari di ketiga benteng ke kapal mereka, selanjutnya Pasukan VOC bergerak cepat untuk segera melakukan penyerang ke kampung orang Cina, Arab, India, Portugis dan asing lainnya yang ada di rakit2 didepan dan seberang Keraton yang ada dipinggiran sungai dan menguasai Ibukota sebelum Palembang mempersiapkan diri kembali karena kehilangan benteng-benteng nya.
Singkat cerita, dalam pertempuran dahyat di sekitar Pulau Kemaro dan Empat Benteng Kesultanan Palembang diatas, VOC berhasil menuju ibukota Palemabng, Keraton Kuto Gawang, dan membakar habis Keraton Kuto Gawang tsb. Untuk cerita lengkap Perang Benteng Pertama ini, dapat dibaca di Buku “Perang Benteng, Perang Maritim Terbesar Abad 17 dan 19 di Palembang”.
Setelah VOC berhasil menjarah seluruh seluruh meriam dan harta2 istana raja, selanjutnya mereka membumi-hanguskan Keraton Kuto Gawang dan seisi Ibukota pada tanggal 16 November 1659, setelah sebelumnya membawa meriam dan hasil jarahan ke kapal kapal mereka yang sudah menunggu. Palembang akhirnya dapat diduduki VOC (Kompeni) pada 23 November 1659.
Dikarenakan Keraton Kuto Gawang habis terbakar itu maka pasukan dan rakyat Palemban berangsur-angsur mengundurkan diri ke pedalaman. Pangeran Palembang, Sido Ing Rejek, berikut rakyatnya kemudian mendirikan Kuto baru di pedalaman yang diberi Nama "Indralaya" yang dijadikan tempat kedudukan Pangeran.
Sebagian besar lagi, rakyat Pelembang dibawa mengungsi ke saka tiga, pedamaran, tanjung batu dan pondok, tetapi kemudian sebagian besar dari mereka tinggal menetap ditempat-tempat tersebut hingga sekarang telah berkeluarga, turun temurun menjadi penduduk ditempat-tempat tersebut. Di Lokasi tersebut juga masih banyak terdapat peniggalannya di tempat tersebut, seperti; Makam perkuburan mereka, masjid, balainya dan lain-lain.
Pada siang harinya rakyat dan laskar Palembang menghilang tidak menampakkan diri di Keraton yang sebagian besar telah dibakar dan dibumi hanguskan itu, dan baru pada malam harinya diadakan kesibukan-kesibukan. Sandang dan pangan tidak di jual belikan kepada VOC, sehingga mereka lama kelamaan menderita kekurangan persediaan.
Maka dalam menghadapi peperangan yang akan dilakukan pada hari-hari mendatang melawan VOC itu, setelah diadakan persiapan-persiapan dalam waktu yang cukup lama dan matang dengan cara kerja sama dan persaudaraan yang baik itu, maka di aturlah pimpinan perlawanan terhadap VOC ini yang dipimpin oleh Kyai Mas Hindi dan dibantu oleh beberapa panglima, yaitu:
- Pangeran Ario Kesumo Abdul Rochim (Kyai Mas Hindi) adik raja sendiri, selaku pimpinan umum.
- Pangeran Mangkubumi Nembing Kapal (Menantu Ki Gede Ing Rajek) dengan alim ulama, hulubalang dan pasukan sabililahnya.
- Ki Demang Kecek dengan pasukan dan rakyatnya sebagian dari jambi dan sekutu-sekutunya.
- Ratu Tumenggung Bagus Kuning Pangluku, dengan srikandi-srikandi pimpinan serta pasukan-pasukannya.
Maka didalam peperangan berlangsung begitu dahsyat dan agak lama banyak jatuh korban dikedua belah pihak. Lama kelamaan dipihak VOC tidak bisa bertahan bertahan lama dengan serangan dari rakyat dan laskar Palembang tsb. secara gerilya maupun secara langsung terus menerus dari pedalaman dan segala penjuru.
Melihat hal demikian serangan dari pihak Palembang berjalan terus , maka armada VOC kemudian tidak dapat bertahan lebih lama lagi dengan banyak korban, selanjuntya Komandan Laksamana Joan Van der Laen, memundurkan diri ke perairan yang aman di luar jarak tembakan meriam dari ketiga benteng pertahanan Palembang, yaitu; Tambak Bayo, Pulau Kemaro laut dan Kemaro darat , serta Manguntama. Dua hari kemudian armada angkatan perang VOC meninggalkan perairan musi dan mengundurkan diri ke Batavia.
