Rekonsruksi sejarah Indonesia versi AMS memang mengundang kontroversi beberapa akademisi sejarah: Dr.Asvi Warman Adam, Dr.Mumuh Muhsin Zakaria, Dr.Muhammad Iskandar, Dr.Sulasman, Prof.Dr.Dadang Supardan, dan lainnya. Salah satu di antara mereka ada yang menggugat soal label atau istilah agama dalam penyebutan penguasa asing yang bercokol di Indonesia, interpretasi yang aneh, dan sumbernya tidak kuat karena lebih banyak sumber sekunder.
Meskipun dikritisi dengan tajam oleh mereka, AMS tetap yakin bahwa sejarah yang ditulisnya merupakan kebenaran. Mungkin karena selama ini menganggap benar sejarah yang ditulis para sejarawan yang ditugaskan menulis sejarah Indonesia sehingga ketika ada model sejarah Indonesia versi AMS yang lebih menonjolkan Islam dan peranan ulama menjadi sedikit terguncang.
Kalau dalam khazanah peradaban Islam, yang dilakukan AMS bukan sesuatu yang baru. Ibnu Sina, filsuf dan dokter ternama ini, melakukan pendekatan spiritual sebelum menulis; Suhrawardi Al-Maqtul yang melakukan tazkiyatun nafs sembari terus menekuni filsafat yang kemudian dalam proses kreatifnya mampu melihat rahasia dibalik fenomena yang dikajinya. Ia tidak perlu bersusah payah memahami fenomena, tetapi justru fenomena itu sendiri yang hadir mengabarkan kepadanya (knowledge by presence). Pengetahuan itulah yang kemudian menjadi salah satu aliran filsafat Islam, yaitu hikmah isyraqiyah; yang kini banyak dipelajari di Barat karena membuka informasi tentang cahaya dan ilmu fisika modern. Ada juga sosok Mulla Shadra yang memberikan kritik pada hikmah isyraqiyah. Anehnya, dari sikap kritis tersebut (bukannya menjadi runtuh) malah menghasilkan pengetahuan baru yang disebut hikmah muta`aliyah. Sebut pula Ibnu Khaldun yang begitu cerdas mampu menghasilkan teori-teori sejarah kemudian dikenal sebagai “Bapak Sejarah”. Sampai sekarang karya-karya mereka belum ada yang menandingi, monumental, lintas zaman, bahkan dipelajari para sarjana Barat. [Ahmad Sahidin]
