Keputusan Direktorat Jenderal PHKA No.SK.79/IV/Set-3/2005 tanggal 30 Juni 2005 tentang Revisi Mintakat/Zonasi TN Kepulauan Karimunjawa. Zonasi / mintakat di TN Karimunjawa seluas 111.625 hektar adalah sebagai berikut:
1.Zona inti seluas 444,629 hektar meliputi sebagian perairan P. Kumbang, Peraitan Taka Menyawakan, perairan Taka malang dan perairan Tanjung Bomang.
2.Zona Perlindungan seluas 2.587,711 hektar meliputi hutan tropis dataran rendah dan hutan mangrove serta wilayah perairan Pulau Geleang, P. Burung, Tanjung Gelam, Pulalau Sintok, P. Cemara kecil, P. Katang, Gosong Selikur, Gosong Tengah.
3.Zona Pemanfaatan Pariwisata seluas 1.226,525 hektar meliputi perairan P. Menjangan Besar, P. Menjangan Kecil, P. Menyawakan, P. Kembar, sebelah timur P. Kumbang, P. Tengah, P. Bengkoang, Indonor dan Karang Kapal.
4.Zona Pemukiman seluas 2.571,546 hektar meliputi P. Karimunjawa, P. Kemujan, P. Parang dan P. Nyamuk.
5.Zona Rehabilitasi seluas 122,514 hektar meliputi perairan sebelah timur P.Parang, sebelah timur P. Nyamuk, sebelah barat P. Kemujan dan sebelah barat P. Karimunjawa.
6.Zona Budidaya seluas 788,213 hektar meliputi perairan Pulau Karimunjawa, P. Kemujan, P. Menjangan Besar, P. Parang dan P. Nyamuk.
7.Zona Pemanfaatan Perikanan Tradisional seluas 103.883,862 hektar meliputi seluruh perairan diluar zona yang telah ditetapkan yang berada di dalam kawasan TN Karimunjawa.
Peruntukan dari masing-masing zona adalah sebagai berikut :
·Zona Inti adalah zona yang mutlak harus dilindungi karena di dalamnya tidak diperbolehkan adanya perubahan apapun oleh aktivitas manusia. Kegiatan yang diperbolehkan hanya yang berhubungan untuk kepantingan ilmu pengetahuan, pendidikan, penelitian, kegiatan inventarisasi, pemantauan potensi, perlindungan dan pengamanan.
·Zona Perlindungan adalah zona yang diperuntukkan untuk melindungi zona inti, yang merupakan areal untuk mendukung upaya perlindungan spesies, pengembangbiakan alami jenis-jenis satwa liar, termasuk satwa migran serta proses-proses ekologis alami yang terjadi di dalamnya. Kegiatan yang diperbolehkan adalah yang berhubungan untuk kepentingan ilmupengetahuan, pendidikan, penelitian, dan pemanfaatan secara terbatas melalui perijinan khusus.
