Berpindahnya sebagian  penumpang  ke pesawat udara,  volume penumpang kapal PELNI mulai menurun. Pada 2012 penumpang kapal PELNI masih 4, 8 juta orng,  pada 2018 penumpang PELNI 3,6 juta orang. Meskipun menurun, PELNI memanfaatkan masa ini untuk berbanah, melakukan transformasi budaya dan transformasi bisnis, sehingga bisnis perusahaan makin berkembang.
Pada awal 2019 harga tiket pesawat cukup tinggi. Seiring dengan itu pelanggan PELNI kembali naik. Terlebih selain harga tiket pesawat mahal beberapa maskapai juga memberlakukan bagasi diatas 7 kg berbayar.
Bukan karena kebetulan saat ini penumpang kapal mulai balik. Meskipun dalam waktu sementara mereka beralih ke pesawat, PELNI tidak tinggal diam, malahan PELNI terus berbenah. Kapal-kapal PELNI makin bersih dan pelayanan makin dipermak, sehingga ketika peumpang pesawat kembali ke PELNI mereka terakomodasi dengan  pelayanan yang makin baik,  termasuk cara memperoleh tiket kapal bisa dengan HP, bayar pun bisa pakai kartu debit. Dan di kapal semua tempat tidur terdapat charger HP.
Layanan Kapal Tol Laut dan Bisnsi Angkutan Barang
Pemerintah telah menggagas tol laut yang merupakan pelayaran langsung dari daerah maju ke daerah T3P. Tol laut telah  diluncurkan perdana pada 4 November 2015. PELNI menjadi operator pertama yang mendapatkan penugasan kebijakan Presiden Jokowi-Jk yang sangat bermanfaat dalam membangun negeri dengan konsep Indonesia centris sesuai Nawacita pemerintah.
Tol laut terus berkembang, selain angkutan bahan pokok, tol laut juga diwujudkan dalam angkutan ternak, sehingga dapat mengubah budaya dan bisnis peternakan sapi. Kapal ternak diyakini dapat membantu mempercepat kemandirian swasembada daging secara nasional. Dengan pemerataan distribusi ternak, daerah potensial pengembangan ternak dapat disuplai bibit ternak dan akan menjadi daerah peternakan baru di nusnatara.
Tol laut untuk angkutan bahan pokok dan kargo kini telah berkembang dari 2 trayek pada 2015 menajdi  6 trayek pada 2016, kimi  telah menjadi 18 trayek pada 2019. Suatu kemajuan yang cukup signifikan. Meskipun trayeknya bertambah, penugasan kepada PELNI makin dikurangi. Pemerintah menugaskan kepada ASDP Indonesia Ferry, Djakarta Lloyd dan perusahaan swasta menjadi operator tol laut, termasuk untuk operator kapal ternak.
Meskipun penugasan tol laut dikurangi, tol laut telah memberikan pembelajaran kepada PELNI untuk menekuni kembali bisnis angkutan barang. Saat ini PELNI memiliki 10 kapal barang yang dapat digunakan untuk melaynai tol luat dan juga melayani angkutan BUMN dan swasta. Dua kapal PELNI, Logistik Nusantara 1 dan Logistik Nusnatara 5 yang tidak dipergunakan untuk angkutan tol laut dapat dikomersalkan dan cukup laku di pasaran.
PELNI saat ini  juga telah investasi kontainer sebanyak 1.500 unit drycontainer dan reefer container untuk melayani para pelanggan. Kontainer PELNI berwrna merah bata itu,  kini telah melayni sejumlah daerah T3P untuk angkutan tol laut. Selain itu dengan refeer kontainer  PELNI juga sedang membantu masyarkat dan pemerintah dalam pengembangan ekonomi daerah T3P, di mana di daerah tersebut tersimpan potensi ikan laut yang berlimpah.
PELNI dengan tol laut dan kontanier pendinginnya telah berperan aktif dalam membangun ekonomi di daerah T3P. Sebagai BUMN transportasi laut milik negara, PELNI terus mengembangkan sayap di angkutan barang bukan hanya untuk angkutan kargo saja namun angkutan curah juga sudah mulai ditekuni.
PELNI sudah membangun sinergi dengan PLN untuk mengangkut batu bara daeri daerah tambang ke pembangkit lisrtik di Jawa dan berbagai PLTU Â di nusantara. PELNI di usianya yang ke-67 makin dewasa. Selain melayani angkutan penugasan penumpang, kapal peritis, tol laut dan kapal ternak, PELNI terus mengepakkan sayapnya di bisnis barang.
