Isu strategis Tanggung Jawab Sosial Lingkungan (TJSL) PT PELNI  adalah pencemaran laut dan sampah. Terkait penanganan isu pencemaran laut, PELNI  melalui program kemitraan dan Bina Lingkungan (PKBL)  telah melakukan program Revitalisasi Terumbu Karang, pada  tahun 2017 di Pulau Sepa, Kepulauan Seribu DKI Jakarta dan tahun 2018 di Pulau Bangka, Manado, Sulawesi Utara.
Sedangkan penanganan isu sampah baru mulai dilaksanakan di akhir tahun 2018 dan telah dilakukan launching peresmian "Rumah Kelola Sampah"  di Batulicin, Tanah Bumbu, Kalimantan Selatan pada Kamis  tanggal 7 Februari 2019 lalu. Batu Licin menjadi kota pertama tempat pengolahan sampah kapal PELNI.
Pelaksanaan Program Bina Lingkungan PT PELNI Â dalam hal ini Program Pengelolaan Sampah di Batulicin dilakukan bersama-sama dengan pihak mitra, yaitu Generasi Muda Cendekia (GMC) untuk pembinaan dan pendampingan komunitas masyarakat untuk menjadi relawan peduli sampah serta monitoring pelaksanaan program tersebut, disamping Tim PKBL dan pegawai PELNI Cabang Batulicin juga turut serta dalam melakukan monitoring dan evaluasi atas kegiatan tersebut.
- Permasalahan sampah merupakan Permasalahan yang hampir tidak berkesudahan baik di tingkat Nasional maupun Internasional. Permasalahan ini harus segera disikapi serius oleh setiap Daerah. Diantara daerah yang memiliki masalah sampah, Pemerintah Kabupaten Tanah Bumbu adalah salah satu Pemerintah Daerah yang sangat konsen terhadap permasalahan sampah, sehingga Pemerintah Daerah setempat sangat kooperatif dalam mendukung program PELNI.
- Dalam menyikapi masalah sampah Pemerintah Daerah Kabupaten Tanah Bumbu sudah membangun 4 TPS dengan Konsep 3R (Reuse, Reduce, Recycle) di tahun 2017-2018 focus ke sampah Anorganik, sedangkan di tahun 2019 focus ke sampah Organik.
- PELNI Cabang Batulicin disinggahi 4, di mana keseluruhannya membawa sampah dan hingga saat ini dibuang ke TPA tanpa dikelola dengan baik sehingga PT PELNI hendak turut serta dalam penyelesaian masalah sampah yang menyangkut 324rb jiwa di Kabupaten Tanah Bumbu, dimana Kabupaten ini memiliki program yang Sinkron dengan Program Bina Lingkungan PT PELNI.
- Saat dilakukan survey ke beberapa Desa terdapat 1 Desa yang sudah memiliki TPST 3R yang benar2 siap turut serta menyukseskan program Pelni dengan komitmen mempersiapkan lahan persis di depan TPST(Tempat Pembuangan Sampah terpadu) 3R.
Wujudkan Laut Bersih
PELNI mendukung pelestarian alam,  untuk menjaga lingkungan laut yang bersih,  melalui Program PELNI Peduli Lingkungan, perusahaan negara ini  membangun sarana pengelolaan dan pengolahan sampah di Batu Licin, Kalimantan Selatan. Pengolahan sampah ini diberi nama "Rumah Kelola Sampah", yaitu suatu Rumah Produksi dan Edukasi Pengolahan Sampah PELNI yang dikerjakan secara gotong royong oleh kelompok masyarakat.
Pada peresmian Kamis (7/2) lalau Direktur Utama PT PELNI (Persero) Insan Purwarisya L. Tobing dalam sambutannya mengatakan, kehadiran Rumah Kelola Sampah ini sangat diperlukan untuk mengolah sampah dari masyarakat dan juga dari kapal PELNI yang singgah di Batu Licin.
Dalam mendukung menjaga kebersihan lingkungan dan laut yang bersih sekaligus pemberdayaan masyarakat, melalui Program PELNI Peduli Lingkungan membangun Rumah Kelola Sampah (RKS) dan melakukan pembinaan serta pemahaman terhadap masyarakat di Ds. Baroqah untuk dapat mengelola sampah menjadi berbagai jenis produk bernilai jual serta sebagai sarana edukasi "sekolah sampah".
Sedangkan untuk program Corporate Social Responsibility (CSR), telah melakukan  program CSR meliputi bidang pendidikan dengan meningkatkan mutu pendidik madrasah di Kota Baubau, Sulwesi Tenggara, pembuatan Taman Bacaan di Tarempa, Kabupaten Kepulauan Anambas, Kepulauan Riau dan program keselamatan pelayaran berupa pembagian 2.000 life jacket di 6 kota, Makasar, Manado, Ambon, Surabaya, Balikpapan dan Probolinggo. ***