Perubahan pola operasi dan penghapusan layanan komersial saat itu diprotes keras dan KAI didemo pengguna KRL Ekspres dan KRL Ekonomi AC. Mereka tidak terima perubahan layanan yang biasanya nyaman,  berubah dengan  berhenti setiap stasiun.  KRL makin padat dan harus transit di beberapa tempat untuk melanjutkan perjalanan ke tujuan.  Â
PT KCI sebagai perseroan, tentu misi utamanya memupuk keuntungan semaksimal mungkin. Â Layanan KRL yang saat ini 100 % disubsidi pemerintah menjadikan KCI terbelenggu dengan pelayanan subsidi. Layanan bersubsidi menjadi hambatan bagi KCI untuk menambah pemasukan dari penumpang karena tarif ditentukan pemerintah sebagai pemberi subsidi.
KRL Jabodetabek sebagai transportasi perkotaan andalan warga Jabodetabek memiliki  sejarah panjang. KRL Jabodetabek terlahir  berbeda dengan LRT Jakarta, LRT Jabodetabek  dan MRT yang dibangun serba baru.  Infrastruktur stasiun steril, armadanya baru,  yang tentu saja lebih mudah pengelolaanya lebih mudah  dibanding mengelola KRL yang memiliki sejarah panjang dari pelayanan compang camping menjadi layanan berstandar seperti saat ini.
Dari sisi organisasi dan bisnis, pelayanan KRL Jabodetabek terlahir dari sebuah bisnis pelayanan sambilan bagi KAI yang saat itu mengoperasikan KRL pertama  pada 1976 bermodalkan armada KRL ekonomi buatan Jepang.
Perkembangan KRL mulai maju sejak tahun 2000, PT KAI mendapat hibah 42 KRL dari Pemerintah Tokyo. Oleh KAI KRL itu dijadikan  layanan premium KRL Pakuan Ekspres Jakarta-Bogor. KRL Bekasi Ekspres  Jakarta-Bekasi, KRL Serpong Ekspres Jakarta-Serpong dan KRL Tangerang Ekspres Jakarta-Tangerang.
Pemerintah terus mengembangkan infrastruktur perkeretaapian KRL. Jalur Citayam Bogor semula satu jalur dibuat jalur ganda pasca tabrabakan KRL di Ratu Jaya, Depok. Kemudian jalur  Tanahabang-Serpong dibangun jalur ganda dan diresmikan pada 2007, bertepatan dengan diberlakukanya Undang-undang Nomor 23 Tahun 2007 tentang Perkeretaapian.
 Seiring dengan perkembangan infrastruktur KRL,  Divisi Jabodetabek sebagai unit bisnis KAI  berubah menjadi PT KCJ dan lalu menjadi  PT KCI. Pembentukan KCI membuat layanan KRL maju pesat, KCI  terus menambah KRL bukan baru dari Jepang  yang  hingga saat merupakan 97 % dari armada PT KCI.
Pemerintah dan PT KAI, mentargetkan pada 2019 penungguna KRL akan mencapai 1.2 juta orang. Meskipun belum memasuki tahun 2019, volume penumpang sudah tembus  1,2 juta orang per hari.
Perluasan  jaringan pelayanan KRL lintas Timur hingga Cikarang, lintas Barat hingga ke Rangkas Bitung telah memodernisasi pelayanan.  KA Odong-odong yang jadul operasional dan pelayanan telah membaik seiring pergantian dengan KRL. Perluasan jaringan KRL mempercepat realisasi pengguna mencapai 1,2 juta orang per hari.
