Lahan bekas tambang memiliki karakteristik topografi dan hidrologi yang beragam tergantung kepada jenis bahan tambang dan cara penambangan yang dilakukan. Lokasi bekas tambang dengan tatanan lahan buruk mengakibatkan berbagai permasalahan seperti lahan berombak/bergelombang dengan tumpukan batuan penutup, tailing tersebar sporadis, tekstur dominan sangat kasar (pasir atau lebih kasar) atau sangat halus (klei berat), bekas lubang tambang banyak, kecil-kecil dan bertebaran sporadis, batuan penutup bersifat potentially acid forming (PAF), munculnya Air Asam Tambang (AAT), kondisi iklim kering, dan bahan amelioran untuk meningkatkan kualitas media tanam sulit didapat (Dirjen PPKL, 2016).
2. Kesuburan Tanah Rendah
Pada umumnya, tanah di lahan bekas tambang memiliki sifat fisik, kimia, dan biologi yang buruk. Menurut Suprapto (2008), lahan bekas tambang memiliki permasalahan fisik tanah terkait tekstur dan struktur tanah, permasalahan kimia tanah terkait pH tanah, kekurangan unsur hara, dan mineral toxicity, serta permasalahan biologi tanah terkait tidak adanya tutupan vegetasi dan tidak adanya mikroorganisme potensial. Lebih lanjut, Dirjen PPKL (2016) menyebutkan bahwa lahan bekas tambang memiliki pH sangat masam, tekstur berpasir atau klei sangat halus, kadar bahan organik sangat rendah, serta ketersediaan unsur hara makro dan mikro sangat rendah.
3. Kubangan Raksasa dan Singkapan Lapisan Potentially Acid Forming (PAF)
Kendala utama pada lahan bekas tambang adalah adanya kubangan raksasa yang dihasilkan dari pengerukan tanah dan bahan tambang terutama untuk penambangan batu bara. Menurut Sigh 2006 dalam Widyatmaji dkk (2019), kubangan tersebut biasanya akan terisi oleh air asam tambang. Air Asam Tambang (AAT) merupakan air pH di bawah 5 hasil lindian, rembesan, dan aliran dari batuan PAF yang menyebabkan asam sulfida (biasanya berupa pirit) teroksidasi dikarenakan beraksi dengan oksigen dan air hujan. Oleh karena itu, lubang tersebut harus ditimbun.Â
Jika tidak, maka akan menyebabkan terbentuknya kolam beracun. Bagian dasar lubang adalah lapisan Potentially Acid Forming (PAF) yang secara kimia sangat berbahaya bahkan bisa melepuhkan kulit. Maka, penimbunan tidak boleh dilakukan sembarangan. Sebelum ditimbun, bagian PAF harus diberi pembatas, misalnya dengan memberikan tanah lempung yang padat dan kedap air agar lapisan PAF tidak mencemari bagian tanah lain. Hal ini juga berlaku pada lahan bekas tambang bijih besi.Â
Bahkan pada tambang bijih besi, penambangan dilakukan dengan cara mengiris batuan PAF yang sangat beracun. Subowo (2011) dalam Tampubolon dkk. (2020) melaporkan bahwa degradasi tanah akibat penambangan antara lain ditandai dengan perubahan lapisan tanah yaitu top soil yang bercampur dengan overburden (PAF) pada saat penimbunan kembali. Tanah dengan kandungan PAF mustahil untuk ditanami tanaman secara langsung. Sebaiknya, lapisan teratas bekas galian nantinya harus merupakan top soil dari lahan semula agar tanaman tidak perlu adaptasi lagi .
4. Hilangnya Top Soil
Penambangan dilakukan dengan mengambil overburden atau lapisan tanah yang dianggap memiliki kandungan barang tambang. Hal tersebut mengakibatkan terangkatnya top soil yang menyebabkan tapak yang tersisa menjadi sangat miskin hara dan susah ditanami (Dirjen PPKL, 2016). Misalnya pada lahan bekas tambang gypsum yang  biasa dilakukan di batuan kapur. Lahan bekas tambang gypsum memiliki tanah yang sangat padat serta keras, sehingga sangat perlu untuk mengembalikan top soil agar lahan memiliki tanah yang gembur dan subur.Â
Biasanya, perusahaan tambang membuat "bank tanah" untuk menyimpan top soil sebelum melakukan penambangan (Dirjen PPKL, 2016). Penyimpanan top soil harus memperhatikan kehidupan mikroorganisme dan nutrisi tanah agar kandungan hara dan mikroorganisme tanah tetap terjaga. Menurut Paul dan Clark (1989) dalam Susilawati dkk. (2013), mikroorganisme tanah merupakan faktor penting dalam ekosistem tanah, karena berpengaruh terhadap siklus dan ketersediaan hara tanaman serta stabilitas struktur tanah.
Banyaknya lubang tambang batu bara yang ada di wilayah administrasi IKN justru membuktikan bahwa pemerintah berupaya menutupi ruang kosong perusahaan yang tidak mampu melakukan reklamasi dan rehabilitasi eks tambang. Alih-alih menciptakan framing forest city, justru pembangunan yang dilakukan hanya untuk kepentingan semata. Selain itu pembangunan berkelanjutan yang menyasar ekonomi, sosial dan ekologis. Sampai saat ini seringkali tidak menemukan titik temu.
